1传说中的斗士，炎之火神兽
神原拓也，在他弟弟的生日那天，突然接到一个神秘的信息，让他在17点45分到自由之丘车站搭车到涉谷，在车上又收到请在涉谷站搭地下铁的信息。在坐电梯时，拓也见到了一个十分冷酷的男孩。而这时发生了奇怪的事情，电梯竟一直下到很深的地下！电梯打开时，面前是一个车站。拓也上了车后，发现又有3个人在同一辆车上。他们分别是柴山纯平、织本泉和冰见友树。列车到站后，4人已经来到了数码世界。突然，沙路比兽出现到处破坏。突然拓也发现了传说中的炎系斗士精神，并与斗士精神合为一体，用“武装进化”进化成传说中的十斗士代表炎系的火神兽，将沙路比兽打败并将其的黑暗灵魂净化。然而，退化回来的拓也却不知道发生了什么事。
2光之野狼兽，地下迷宫之战
拓也放出打败沙路比兽的数码密码使消失的大地复原，而拓也见到的那个名叫源辉二的冷酷男孩也来到了数码世界。波高兽和问答兽告诉他们数码世界正被基路比兽破坏。纯平想和友树回现实世界，于是用巧克力作诱饵来柏帕古兽回去的方法。却被一大群帕古兽追着要巧克力而掉下一地下迷宫。此时辉二和拓也、小泉也分别进入地下迷宫。辉二见到被帕古兽们缠住的纯平和友树，就上前打败了柏古兽，但其中一只柏古兽却进化成烂泥兽。拓也此时赶到，进化成火神兽与烂泥兽战斗，却突然就变回来了。但这时辉二突然遇到他的代表光系斗士精神，进化成野狼兽，将烂泥兽打败。然后辉二就独自离去了。
3忍无可忍！冰之冰熊兽进化
纯平和友树决定不回数码世界而和大家一起。拓也又接到信息要去森林终点站。他们在某个地方见到有关十斗士的记号和光明兽的雕刻图样，并听波哥兽说了有关十斗士和光明兽的传说。突然许多蜡烛兽出现，原来这是蜡烛兽的村庄。波哥兽告诉蜡烛兽拓也得到了十斗士之魂，于是蜡烛兽请大家接受招待。没想到这是陷阱，蜡烛兽立即攻击众人。拓也让众人逃走，自己进化反击。然而蜡烛兽不怕火系攻击，火神兽反而被困住。这时友树奋不顾身去救火神兽，突然冰之魂飞了出来，友树立即进化成冰熊兽。但一只蜡烛兽进化成巫师兽，并用分身法迷惑火神兽。冰熊兽提醒火神兽看影子，终于打败了巫师兽。众人又继续上路了。
4不要小看我！女斗士仙女兽
拓也他们在前进路上遇到岔路，拓也、友树和泉、纯平分别走一边。泉、纯平来到了风景萧条的微风村，见到了辉二，但他又立即离开了。两人遇到花拉兽，得知微风村以前是观光胜地。于是两人打算美化这个村以使其重新回到以前的样子。然而蘑菇兽三兄弟突然出来捣乱，并追打纯平。这时风之魂飞了出来，纯平以为是他的斗士魂而十分高兴，然而这个魂却不是他的而是泉的……泉进化成仙女兽，打败蘑菇兽三兄弟。然而它们却合在一起进化成朽木兽，将仙女兽打退化。这时辉二赶到，进化成野狼兽终于打败了朽木兽。他将黑暗灵魂净化后，蘑菇兽三兄弟变回正常。辉二将数码密码放出，微风村变回原来那样美丽，随后他又离开了。拓也和友树因为路不通而折回来，而纯平为只有他不能进化而沮丧。
5摇动大地的雷之力量，电光兽！
众人来到株式会社风工场，打算进去参观一下。工场的主要员工是小古加兽。大家参观完后来到小古加兽的生活区，得知小古加兽们是被迫劳动的。于是大家决定帮小古加兽们脱离这个魔窟。但是纯平因为没有斗士精神可以进化而很伤心。夜里，拓也等三人进化开始行动。仙女兽在门口引诱敌人，火神兽和冰熊兽以及小古加兽们则去破坏中枢部。然而等待大家的是场长螳螂兽和一大堆野人兽。拓也他们被打败。这时纯平终于忍不住冲进工场中枢部。而这时纯平终于发现了属于他的雷之斗士精神，进化成电光兽，打败了螳螂兽。同时中枢部被破坏，小古加兽们自由了。
6传说的五斗士VS新的斗士
众人没有钱但是又很饿，于是决定打工。他们见到贝壳滑溜兽，听说村里来了个古洛顿兽，抓走了村子里的女孩来威胁它们说出山里的数码密码。他们跟随贝壳滑溜兽来到它们居住的山，见到辉二，决定联手去救那些女孩。纯平说出大家是传说中的斗士，结果贝壳滑溜兽脸色大变。晚上，当众人醒来时，发现被贝壳滑溜兽绑住，想用五人来交换人质。原来土系古洛顿兽也是传说中的十斗士之一，但是却是属于邪恶的十斗士。澄清事实后，众人进化与古洛顿兽战斗，终于救出人质并打败古洛顿兽。没想到古洛顿兽突然转移进化为巨岩兽，实力大增。它打败众人并吸收了山的数码密码，使整座山消失了。
7飘浮空中的城市，玩具亚古兽的玩具国
众人分散了。拓也、辉二和友树来到空中玩具王国，友树对这里的玩具很感兴趣。而拓也和辉二为了对待小孩子的问题而吵起来。这时众人见到熊仔兽，为了不被它缠住来玩而躲开。突然，邪恶熊仔兽出现抓走友树，并用心碎攻击使拓也和辉二觉得很伤心，接机逃走。拓也和辉二追到城堡处，但不慎掉入护城河，幸好一只叫熊猫兽的数码兽救了两人，告诉大家玩具阿古兽被基路比兽变得邪恶。两人进入城堡，默契地打败了众玩具阿古兽，并将它们的邪恶灵魂净化。两人来到城堡顶部，发现原来友树只是跟熊仔兽玩游戏机而已……最后玩具阿古兽带三人离开玩具王国。
8救出大家！进化吧独角兽
众人在草原穿行时见到仙人掌兽——数码兽小学的教师，于是决定去数码兽小学参观。在小学里除了独角兽以外的学生都排斥它。泉因为是意大利回来的所以很寂寞而很同情它。纯平希望帮它交到朋友，反而受到反效果。独角兽不小心掉到河里，泉为了救它也掉到河里，独角兽进化成加布兽救了泉。两人了解到独角兽因为可以进化而被同学所恐惧。这时下起大雨，河水泛滥而有冲走学校的危险。两人进化阻止流水，但是一个同学不小心被冲走，情况危急。这时纯平和泉鼓励独角兽去救它，独角兽终于下定决心进化救下了那位同学。经过这次事件，大家终于接受了独角兽。随后，在两人离开草原的途中，与拓也等三人汇合了。
9冰熊兽是敌人吗！？电视森林之谜
众人决定在森林里野营，大家找了些肉食苹果来吃。在烤食物时，大家讨论了有关古洛顿兽使用的兽型斗士之魂，得知每个十斗士有两种斗士之魂——人型和兽型。大家在吃东西时，月亮被云遮住时，森林暗了下来，在树干上突然发出光来，放出现实世界的影象，原来这是电视森林，但一会儿又消失了。友树在睡觉时做恶梦，梦到众人欺负他，于是突然攻击众人，并进化成冰熊兽不断追击众人。拓也和辉二在逃走时发现一直躲在暗处观察众人的食梦兽，于是两人进化，由辉二抵挡冰熊兽，拓也攻击食梦兽。拓也被食梦兽的技能困住而做恶梦，但立即醒悟过来并明白冰熊兽也做了同样的梦。拓也立即打败食梦兽并净化了它的黑暗灵魂，友树终于恢复神智。为了道歉，食梦兽帮大家做了个愉快的梦。在大家睡觉时，辉二突然接到有关兽型斗士之魂的信息……
10兽型斗士之魂无法控制？银狼兽进化
众人醒来发现辉二、波高兽和问答兽不见了，得知他们先走了，于是众人也上路。辉二等见到一只矿石兽，然后发现洞穴兽在矿石兽的村庄破坏。辉二进化与巨岩兽战斗，却被打败。矿石兽救了辉二，辉二更从而得知斗士魂就在附近。此时古洛顿兽遇到拓也等人，进化成巨岩兽打败众人并抢走泉的魂。辉二此时赶到将古洛顿兽引到斗士魂所在处但被打退化。矿石兽保护辉二完成预言，使传说中的光之兽型之魂出现。辉二用兽型魂进化成兽型的银狼兽，然而辉二却完全控制不了兽型魂，但其野性还是使其暂时击退巨岩兽，随后退化了。