1明川还原冯媛死亡真相
醉酒男子刘滨于酒吧后巷被掳走，数日后尸体被制成干尸抛于孤岛之上，这是同一个凶手连续第四次作案，目击者对凶手的画像和警方凶手的侧写指向数名嫌疑人，其中之一是鹏海市公安局法医明川，原光明市刑警支队队长罗笔芯奉局长陈怀远之命调往鹏海市刑警支队担任队长，同时对法医明川进行侧面了解。刚一到鹏海，罗笔芯就赶上河边发现一具女尸的案子。此时法医明川与自己的老师，昆虫学家郎世明在参与一个文物拍卖会时发现疑似盗墓文物，明川便打电话叫副队长丁春秋率队赶来，第一天上班的罗笔芯随队前来，误打误撞之下竟然将明川一个背摔撂在地上。处置完毕后，明川的助手黄小蓉打电话来求助，张家媳妇冯媛从楼梯上滚下摔死，按照规定必须尸检后才能火化，但丈夫张国军和张母坚持不让黄小蓉尸检，明川赶到承诺在不碰尸体前提下进行尸检，经过仔细查看冯媛的生活空间、楼梯现场环境以及尸体表面特征，明川用法医手段还原冯媛死亡真相，冯媛是被张国军电击致死，在证据面前，张国军坦白一切。
2明川笔芯联手破案
在河边发现的女尸叫覃红，尸检发现她体内竟然充满海水，但海边和抛尸的河边相距很远，凶手不会从海水中淹死她再抛尸河中，明川与罗笔芯各自分别想到了覃红可能是死于海水渔场，于是前后分别去海鲜市场寻找匹配的海水水源，明川还顺便买了大量海鲜，为欢迎罗笔芯而聚餐，罗笔芯看到了一个热爱生活、精通厨艺的明川。通过海水比对，明川找出三家渔场，但三家都没有发现可疑之处。明川和罗笔芯一起排查，发现渔场老板马超似乎有所隐瞒，鱼池中的一个名贵发卡让案件取得突破，而三家渔场中只有马超的渔场在覃红死亡当天换过人工海水，面对证据马超承认覃红当晚在鱼池中被淹死，他只是抛尸而已。但是尸检却表明覃红在落水前可能受到侵害。这时覃红的儿子小覃来找妈妈，刑警队只得暂时照顾他。对马超的审讯没有任何进展，急等尸检报告的罗笔芯却发现明川不知去向，最终在台球厅找到他。罗笔芯跟着明川一起在台球厅、酒吧等地畅玩通宵，接着回到法医中心对覃红进行开颅检验，发现覃红有过度疲劳导致的蛛网膜下腔出血。
3明川笔芯联手破案
明川判断覃红尸体上的勒痕是过度疲劳落水被渔网缠绕所致，但也不能排除马超用渔网勒死覃红的可能性，这需要罗笔芯通过调查判断。罗笔芯立刻带队去渔场寻找勒死覃红的渔网。另一边大批员工和合作伙伴去刑警队找马超讨债，原来马超的渔场近期已经濒临破产，有人说马超和覃红之前曾因拖欠工资吵架，这进一步增加了马超杀害覃红的可能性。马超的儿子小超与小覃在刑警队成为要好的玩伴，明川通过与小超聊天得知马超在案发当晚吃了安眠药，明川给马超抽血检验。这时候丁春秋等人终于在马超的鱼场找到了勒死覃红的渔网，上面留有覃红的血迹。明川通过对马超血液检验确定马超服用安眠药的剂量很大，不具备作案条件，而覃红的真正死亡原因，是连续工作导致过度疲劳，晕厥后跌落鱼池，被渔网缠绕致死，而马超因身陷渔场破产危机，害怕覃红的死影响渔场经营，所以慌乱之下选择抛尸河中。马超受到应得的惩罚，明川帮助小覃直面妈妈已死的现实，孤苦无依的小覃被马超的妻子收养，从此生活有了依靠。
4案情更加扑所迷离
音乐人项阳雨夜死于家中，颈部有撕咬伤，DNA结果异常，凶手是人是狼一时无法判断，鹏海市风传有狼人出没作案，搞得人心惶惶。明川带黄小蓉、江小白还原案发过程，在仙人掌上采集到疑似是凶手留下的血迹。与此同时动物园报案说丢了两只狼，罗笔芯判断两个案子有联系，接着通过动物园附近的监控视频发现可疑车辆，在刑警队全体彻夜筛查时，明川却将约罗笔芯约到面馆吃面，原来面馆之外就是动物园前的主干道，但两只狼丢失之时主干道修路堵车，盗狼车很可能走了小路，罗笔芯按照明川的指点在小路的监控中找到一辆可疑车辆，车主叫马强。刑警队到酒吧抓捕马强，马强察觉立刻从后门逃窜，明川熟悉人体构造轻松将马强打倒，罗笔芯看到明川不像表面那般柔弱，对明川是否涉及干尸案又增加了一层怀疑。马强被押上警车时突然逃走，罗笔芯追至一处废旧仓库，险些被狼袭击，而马强则被狼咬成重伤，被送至医院。明川根据仙人掌上血液推断马强当晚赶到项阳住处时，项阳已经死亡。罗笔芯询问病床上的马强时，马强抬手指向了床边的明川，罗笔芯不禁怀疑明川与此案有关。
5案情更加扑所迷离
马强盗狼，项阳是买家，但是项阳与马强之间无直接联系，因此丁春秋推断两个人之间一定有中间人。明川连夜返回现场采集多多人指纹，晨会时已经累得睡在法医中心，罗笔芯对明川上班时间睡觉颇有些意见，但也体会到他的辛苦。明川反复思索马强死前为何指着自己，终于想到其实马强是想让他看自己的手指，明川重新查看马强尸体发现了一个伤口，带着罗笔芯一起拜访昆虫学家郎世明教授，确认咬伤马强的是一种罕见的毒蜘蛛。警方立刻展开对花鸟市场的排查，这时候明川参加同学聚会，与中学时候暗恋他的女同学宋薇寒重逢，宋薇寒当年约明川放学后天台相见，懵懂的明川没有赴约，当晚宋薇寒被流氓强奸，接着转学离开从此再没有见过面，宋薇寒有意与明川重温旧梦，但明川与她保持距离。第二天花鸟市场的排查有了结果，走私毒蜘蛛的人就是宋薇寒手下的员工，宋薇寒不得不到刑警队配合调查，但她对手下员工走私的事情一无所知，并且在案发时有不在场证明，于是很快被释放。明川送宋薇寒离开，得知宋薇寒即将移民去加拿大。
6明川涉案被迫休假
明川接近黄伟伦，黄伟伦律师王明立刻来刑警队拜访咨询调查情况，与明川、钟局是校友的王明，试图让警方停止对黄伟伦的调查，被钟局婉拒。碍于社会影响，钟局还是让冲撞黄伟伦的明川休息几天。下班后明川请众人去美容院，过敏体质的江小白在光子嫩肤后皮肤红肿，而明川在扑倒黄伟伦之后看到黄伟伦的皮肤正是这样，明川判断黄伟伦应该定期脱毛，很可能有多毛症，但因过敏体质脸部不能脱毛，却不见有毛，所以黄伟伦应该定期服用抑制药。正当明川对黄伟伦展开调查之时，宋薇寒却突然来自首，并声称自己被项阳背叛，下安眠药后杀了项阳，又伪造现场让马强偷狼后去找项阳，以嫁祸给马强。但明川坚持认为宋薇寒不是凶手，DNA对不上，而黄伟伦则有多毛症，也就是网传的狼人综合症，但这些还不够说服罗笔芯，罗笔芯怀疑明川因个人情感干扰了判断。但明川、罗笔芯对此案都仍存疑虑，不约而同回到案发现场，发现项阳经常光顾一家酒吧，通过询问得知项阳与宋薇寒并不是情侣。接着又发现删除爆料黄伟伦有狼人综合症帖子的人就是宋薇寒，明川判断宋薇寒其实是在保护她爱的黄伟伦。
7宋薇寒说出隐瞒真相
查案间隙，罗笔芯一直注意寻找明川与干尸案之间的联系，而明川对罗笔芯则毫无刻意隐瞒，还主动邀请罗笔芯讨论案情，罗笔芯点出明川维护宋薇寒，是因为他觉得自己对宋薇寒当年被强奸有一定的责任，但明川更在意的是用法医手段查清案件的真相。接着明川从黄伟伦一直在吃的饼干中检验出一种抑制药，而这种抑制药只能通过走私渠道购买，明川找到销售者查明是项阳一直在帮黄伟伦买这种抑制药，也就是说项阳知道黄伟伦有多毛症的秘密，这可能就是杀人动机。明川再劝宋薇寒，但宋薇寒仍然坚持项阳是自己杀的。明川、罗笔芯向钟局力争，终于说服钟局让丁春秋、黄小蓉再审黄伟伦，黄伟伦在审讯中说出内心对宋薇寒的轻蔑，宋薇寒在视频中看到自己深爱的黄伟伦对自己的真实想法后，终于崩溃说出真相，原来项阳一直在以多毛症的秘密要挟黄伟伦，并要求黄伟伦给自己出名的机会，黄伟伦并没有真心想帮项阳，项阳忍无可忍在网上爆料黄伟伦有狼人综合症，两人终于爆发冲突，黄伟伦杀死了项阳。事后黄伟伦又让宋薇寒用液氮干扰死亡时间的判断、栽赃给马强、删帖。
8凌志文是他杀或意外
在一起绑架案中，绑匪与被绑架者竟然是父女，原来凌志文与李兰离婚后，女儿李颖跟着李兰和继父杰森一起生活，凌志文私下带女儿去采石场，被李兰认为是绑架，警方将李颖解救出来，但李颖却说凌志文没绑架自己，凌志文被释放。光明市发现一名干尸案嫌疑人，但罗笔芯通过审讯判断该嫌疑人精神不正常，并非真正的凶手，罗笔芯向师父陈怀远说自己打算找一个帮手一起破干尸案，她心中指的是明川。另一边待明川犹如亲生儿子一般的教授郎世明，也在打听着罗笔芯的情况，有意撮合两个人。明川偶遇凌志文，凌志文是明川的中学同学，两个人喝酒叙旧，凌志文颇以女儿李颖为傲。第二天凌志文坠楼而亡，疑似自杀，但明川根据之前见面时情况推断凌志文不会自杀，并且从凌志文鞋上发现一滴凌志文的血，说明凌志文坠落前身体已有异常。通过凌志文手机，警方发现凌志文曾购买香港的保险，受益人是女儿李颖，凌志文可能是为骗保自杀。明川想要对凌志文进行全面尸检，但需要家属同意，李兰并不同意，但唯一直系亲属李颖却同意了明川的尸检。
9光明市再现干尸
明川对杰森的调查被罗笔芯阻止，但接着杰森却被人刺伤入院，并且拒不说出是谁刺伤自己。但很快罗笔芯与明川便查出刺伤杰森的就是李颖，但杰森却一直在保护她，原来杰森一直真心将李颖看作亲生女儿一样抚养，非常爱她。明川去采石场劝李颖回去跟李兰、杰森团聚，杰森向明川承认接触过凌志文，并且两个人早已和解，只是李兰不知情。明川想要重启对凌志文死因的调查，但没有获得批准。光明市再次发现干尸，罗笔芯赶去参与调查，死者死于三天前，满足并按条件，而明川有不在场证明，罗笔芯由此可以确定明川不是凶手，也就是说罗笔芯调查明川的任务结束了。陈怀远打电话给钟局决定调回罗笔芯。要走了，罗笔芯不自觉认同起明川对凌志文死因的执着调查，重新梳理凌志文案时发现凌志文病历少了几页，两个人一起到凌志文在采石场的宿舍调查，发现凌志文雕刻大量李颖肖像，还找到了完整病历，发现凌志文得白血病的原因是受到辐射，用仪器检测后发现辐射源就是房间中的一座雕像，经检验造成辐射的是钴60。
10李兰为女儿害死前夫
杰森一样具有作案嫌疑，明川和罗笔芯将杰森带进一间休息室，杰森看到休息室内放着一个刻着李颖像的石雕，她突然想起凌志文曾经告诉过自己他得白血病是因为有一个雕刻的石头带有很强的辐射，杰森抓狂要求离开这个房间。罗笔芯立刻同时提审杰森和李兰，李兰坚称自己并不知情，并声称杰森一直很讨厌凌志文，而杰森则说出了另一版本，他和凌志文的关系不是李兰说的那样。罗笔芯查出李兰在最近曾有过购买抗辐射药的记录，李兰终于崩溃说出实情，原来真正用钴60辐射害死凌志文的是李兰，李兰不想让一个坐过牢的父亲与李颖频繁接触，先是想用钱打发凌志文，但被凌志文拒绝，最后才下狠心害死凌志文。明川告诉李兰但尽管凌志文知道她用那块石头害自己得了急性白血病，但为了给女儿一个完整的家庭，他还是把李兰的指纹擦得干干净净，李兰知道后十分后悔内疚，但为之已晚。凌志文给李颖留下一座巨大的全家福雕像，李颖十分感动，她失去了父亲凌志文，母亲李兰入狱，好在还有爱她的继父杰森照顾。