1石之世界
科学少年·千空天生拥有超人的头脑，其好友·大树，性格直率并以其体力而自豪。一直暗恋着青梅竹马杠的大树，在千空打趣下终于打算向杠传达自己的感情。但是突然间，天空被耀眼的光线覆盖，世界上的人类在一瞬间全部“石化”的谜一般的现象发生了。此后约3700年后——在文明全部消失的“石之世界”中，从石化中解放出来的千空和大树再度重逢，发誓要从零开始创造文明。
2石之世界的王者
有一天，世界上的人类瞬间全部石化的谜一样的现象发生了 ……3700年后的世界里醒来的千空和大树，在文明完全消失的石之世界中反复进行实验终于完成了解除石化的“复活液”。首先，是试图让青梅竹马·杠复活的俩人，但遭遇了意想不到的紧急事态，让曾经被誉为灵长类最强高中生的男子——狮子王司复活了！
3科学的武器
千空和大树使用完成的复活液，解除了灵长类最强的男人·狮子王司的石化。但是，司却对千空提出了“只让纯粹的年轻人复活，净化人类”的极端思想，并开始破坏石化的成年人。感到危险的千空，决定复活青梅竹马的杠。然后交由大树和杠两人判断，是一起逃离这个地方，或是和自己一起阻止司的破坏。这时回来的司毫不隐藏自己的杀气，向千空等人逼近……
4点燃狼烟吧
千空他们三人离开司，来到了箱根。为了对抗拥有最强武力的司，必须要得到“火药”，他们在箱根收集必要的材料，赶紧开始制造火药。在这种情况下，千空等人发现了远处有狼烟升起！当千空确信石之世界里除了他们之外还有其他人时，他冒着会被司发现的风险，发出了信号……
5石之世界 初章
在箱根的森林里，千空他们发现了远处的狼烟。但是，他们在找到狼烟发出处之前，被追上来的司发现了，杠被当作人质，千空只好告诉司复活液的配方，不过，他不能接受「为了活命而舍弃科学」的交易而被杀。将愤怒和悲伤隐藏的大树和杠，抱着与千空一起许下的“共同战斗”的约定，向司发起挑战！
6石之世界的两个国家
人类被石化后数千年的某一天。独自一人从石化中苏醒的千空，开始在文明消亡的世界求生。光是确保最低限度衣食住，体力就已到达极限的千空，找到了体力笨蛋的好友‧大树的石像，尝试复活他。而现在——抱着被司杀害的千空，大树和杠也一样，坚信着和千空的约定，尝试复活千空。
7200万年的隐居处
与大树和杠分别后，与神秘少女·琥珀相遇的千空，被带到了琥珀所生活的村庄。在这个石之世界里，千空看见了很多人生活的景象，感到很吃惊。就在这时，村里守卫的金狼和银狼突然出现！为了打倒司帝国而想要大量劳动力的千空，企图把金狼等村民们全部变成自己的伙伴，然而预感到事态发展的自称天才妖术师的男人·克罗姆也登场了，两人之间科学vs妖术的对决开始了！
8石之路线
得知琥珀的姐姐同时也是村里巫女的琉璃被病侵的千空，向琥珀和克罗姆宣言要制作科学的万能药“磺胺类药物”！他们在得到村里的少女·西瓜的协助后，为了制成磺胺类药物，规划了庞大的路线图！然而，路线图的第一步是“炼铁”，他们很快便由于人力资源不足而遇到困难。于是千空企图用“科学美食”收买村民来帮助他们。
9手握科学的明灯
为了治疗琉璃的病，开始制作万能药·磺胺类药物的千空等人。首先为了收集炼铁所需要的人员劳动力，制作了科学美食“狗尾草拉面”，成功抓住了村民们的胃。在那样的情况下，可疑的男人·浅雾幻出现在千空等人面前！明明知道是司帝国的间谍，他们对仍看不到其本性的幻保持警戒，继续进行抗生素制作的千空，说出要在村子里建造“发电站”的话……
10廉价的同盟
在正在制作磺胺类药物的千空等人面前，突然出现了司帝国的间谍·浅雾幻。在他轻浮的对话语气中，千空等人在意着看不见本性的幻的动向的同时，一边在炼制着铁，他们终于得到了电能。这时，村子里发生了幻被什么人袭击的事件！在千空等人寻找犯人的过程中，正在治疗中的幻消失了，村里开始紧张起来……
