1境界线前的整列者们
圣谱历1648年，在曾被称为神州的土地・极东上空的航空都市舰武藏，是极东唯一的独立领土。在武藏上的阿利亚达斯特教导院三年梅组学生们过着平淡的生活。在学校，他们所谓的“上课”是追赶跑跳碰，什么招都行，什么招都不奇怪。但是此时主角葵・托利却不见踪影。
4夜天下的暗跃者
酒井・忠次在三河与本多・忠胜以及榊原・康政再会，但松平四天王却还是三缺一，原来井伊・直政遇上了公主隐。另一方面，在武藏的阿利亚达斯特教导院，正在举行除灵仪式，却被新名古屋城方向的不明光柱给打断。这到底有什么阴谋？
5月下的毕业者
原来烟火的真面目，是三河的君主松平・元信策划的地脉炉暴走。而他的目的，就是借由三河的毁灭，得到大罪武装，发动世界大战。为了阻止他的野心，圣连派出号称"西国无双"的立花・宗茂，然而阻挡立花面前的，是“东国无双”本多・忠胜。
6告白处的辩护者
在松平・元信的策划下，地脉炉暴走导致了三河毁灭。于是元信的女儿，也是拥有三河君主继承权的赫莱森・阿利亚达斯特被判自裁。而当三年梅组知道P-01s就是赫莱森时，班上同学开始讨论要不要营救赫莱森。开始上课后，真喜子老师出的课题是《我希望能做的事》。
7武藏的骑士
武藏阿利亚达斯特教导院召开临时学生总会，决定日后的方针。若是决定拯救赫莱森，恐怕无法避免与圣连的全面战争。而此时，正纯、奈特与直政，决定以圣连的立场思考，希望能证明武藏拥有能够对抗圣连的实力。
8全域的支持者
圣连与武藏的第三战是正纯与托利的辩论大会。然而先攻的托利竟然提出了与武藏相悖的“不去营救赫莱森”言论，而代表圣连的正纯，因为主张被抢先发表而混乱不已。此时的托利希望正纯回答“营救赫莱森将会对武藏带来什么好处”，两人的立场仿佛颠倒过来了。
10起跑线上的号角吹响
临时学生总会结束后，托利一行人决定前往营救赫莱森。他们的目标是赫莱森被监禁的审问舰，但K.P.A.意大利的战士团却不是那么好对付的。另一方面，空中较量也越来越激烈，武藏面对迎面而来的航空用武神，只能派出？