1第一话 鬼降落的天空
立山国际高中的白羽由希奈，在三人面谈后追赶暴风雨般离开的母亲·洋海为了送还遗忘的智能手机，朋友荻布美夏也一起到母亲的工作场所黑部研究所去。在大厅里顺利的把智能手机交给了母亲，相识的研究人员、荒俣稔等人说着的话的时候突然火球飞来了，产生的冲击波将研究所的窗户玻璃震碎了。在警报鸣响的研究所地基内，身份不明的侵略者同警备员们展开战斗，打算到地下避难的由希奈的目光停留在了实验室里方块发出的奇怪的光上。
2第二话 黑骸觉醒
Cube出现的神之青年青马剑之介时贞，称呼由希奈为“公主”，并将她从侵略者手中救下，但被赶来的警备员们弄昏倒。与此同时，从富山湾出现了新的大型机甲。并且在日本以外也有三台出现，各国进入战斗状态……。身体被囚禁的剑之介，在洋海等人的一瞬间空隙逃脱。找到了在偷看的由希奈，突然抓住了手跑起来。还没掌握情况的由希奈面前Cube突然出现了。
3第三话 故城不复归来时
就这样原因不明的由希奈和剑之介一起驾驶Artifact进入战斗了。从海中出现的大型战机“黄色巨蟹”即将要被击破的时候，被一步之差跑掉了，剑之介很是懊恨，富山城没有了城主和由希奈的水手服，以及只能手机面前，自己不能理解所处的情况……。剑之介再一次被捕，由希奈也在研究所进行身体检查。另一方面，黄色巨蟹一起出现的一部分小型战机“仙人掌”，逃往了山岳地带。
4第四话 身处异国知晓自身处境
知道自己已经沉睡了好久，武士现在也不是主要的，剑之介失去了生存的意义。但是在由希奈的叔父药师和尚的邀请下，安身于和尚的家与由希奈和小春生活。电器产品和饮食、衣服等看得见的摸得到的吃的东西都很新鲜。一一过度吃惊反应的剑之介使由希奈感到困扰。那样子微笑看着的药师和尚，为了剑之介使用的日用品的采购和早点习惯现代生活，因此提出了由希奈去购物中心买东西。
5第五话 这个男人来到学校了
在剑之介和由希奈的神经系中，植入了由纳米装置所构筑的与剑之介的“黑骸”战机相连的分子电路。现代科学技术是很难移出的，唯一能操作黑色残骸只有剑之介和由希奈，进入了联合国的指挥下从事。也算得上是从属于联合国的军属了，而且从属于同一部队还有同班同学索菲·诺艾尔，被禁止去学校的日子到此为止。平稳的日子终于回来了，想到这里的由希奈，等到的是久违的学校转校生，剑之介的身影。
6第六话 起舞于神通之滩
确认了卫星轨道上降落了三个大型机体的格雷厄姆少校开始向黑部研究所的飞行员发出紧急出动。剑之介，由希奈，索菲三人也从学校紧急赶赴现场。最早到达富山市机场的现场的是剑之介和由希奈，机甲的战斗开始了。脚边的市民们按照自卫队的诱导下开始避难。一手拿着智能手机逆着波浪般的人流前进的由希奈的同班同学赤城凉斗和茅原纯大出现在其中。
7第七话 消失在黎明
大型战机“黄色巨蟹”里出现的人形驾驶员，自爆姓名日堂后便引爆自杀了。急中生智中黑骸抑制受到最小限度的伤害，那情形在网络上实况播放，瞬间被扩散在世界各国而引起了巨大的浪潮。外星人驾驶员的事特别让由希奈受到打击，并因此拒绝战斗。由希奈情绪消沈着上学，从卡尔洛斯那里得知赤城和茅原前几天去看了战斗就没有回来。
8第八话 黑鹫之城
突然收到来自侵略者的信息。他们自称“艾菲德尔克”，要求归还黑骸。虽然联合国总部对应的意见虽然很坏，但还是选择维持现状。黑部研究所也在被授予了黑骸的使用权。在这种情况下的由希奈因不愿意被周围期待去战斗的缘故而离家出走。由希奈打算寻找剑之介，但是她重新发现自己什么事都不知道。
9第九话 石穴中的鬼嗤
根据研究鬼问题的父亲·岳人的笔记上写着“鹫羽之城在山腰之中”这个线索，由希奈去了黑鹫谷，山中遭遇了“仙人掌”。过于惊讶滑倒摔晕了。剑之介不知道状况，并且赤城和茅原也在寻找由希奈……。
10第十话 桀傲之俘
大型战机“长臂”的驾驶员弗斯纳尼被黑部研究所押送，并被进行了精密的检查。在联合国外星生命研究人员的审问下也如实的回答，在450年前到访时建造的“枢”因事故而被摧毁，并且现在正寻找“枢”的碎片“枢石”。真相藏在黑暗中。