1埃菲尔铁塔的少女
公元1889年，为了参加飞行器比赛，爱好发明的少年让（Jean）来到了巴黎的万国博览会，在塞纳河畔对骑车路过的少女娜蒂娅（Nadia）一见钟情。让追随她来到埃菲尔铁塔，提出想跟她交个朋友，但娜蒂娅的态度非常冷淡。这时，意图抢走娜蒂娅持有的蓝宝石Blue Water的三人组出现在他们面前。
2小小的逃亡者
在让的帮助下，娜蒂娅暂时逃离了恶党三人组的魔掌，然后来到勒阿弗尔，在让的家中过了一晚。第二天，恶党三人组驾驶着一台万能战车“格兰坦克（グラタン）”再次袭来，于是让和娜蒂娅乘坐让发明的飞机“爱德华·多·拉谢努八世（エトワール・ド・ラ・セーヌ8世）”从空中逃跑……
3神秘的大海兽
总算摆脱了恶党三人组的让和娜蒂娅，因为飞机发生故障而被迫在海上降落。海上巡逻的美国战舰“亚伯拉罕号”偶然发现他们并救起他们。突然袭来的格兰坦克不低战舰，投降被俘。但是，好不容易松了一口气的时间，这次出现的神秘的大海兽。于是，战舰和大海兽的激战开始了。
4万能潜水艇 鹦鹉螺号
神秘大海兽和美军战舰的激战中不慎落水的让和娜蒂娅，在他们面前另一只大海兽出现了。不过，那并不是生物，而是持有最新装备的潜水艇“鹦鹉螺号”。在正追踪着海盗的那艏潜水艇中，让和娜蒂娅受到一位自称名为“伊莱克特”的女船员的热情款待。
5玛丽之岛
告别了鹦鹉螺号的让和娜蒂娅，乘坐改良后的飞机前往法国，但是途中突然受到攻击而被迫降落在一座小岛，而且那座岛被神秘的侵略者所占有。总算会合的两人，跟一位被侵略者夺走了父母的小女孩玛丽相遇。
6孤岛要塞
侵略者把玛丽捉走了。为了救出玛丽，让和娜蒂娅潜入位于岛中心的侵略者的秘密基地。在那里，两人看到了之前跟鹦鹉螺号战斗过，被人们当作大海兽的潜水艇。原来那艏潜水艇，还有这座谜之秘密基地都是一个名为“新亚特兰蒂斯（ネオ・アトランティス）”的邪恶组织建造的。
7巴别塔
为了保护让，娜蒂娅被捉住了。新亚特兰蒂斯的首领卡格依，不知为何称娜蒂娅为公主，以玛丽和小狮王为人质向她逼问蓝宝石Blue Water的所在。他的目的到底是什么？另一方面，让了救出娜蒂娅，乘搭自动拖车向基地的中心靠近。
8娜蒂娅营救作战
“巴别塔”的发射试验进行之际，让跟格兰蒂斯、桑森、汉森3人组成的恶党三人组相会，为了救出娜蒂娅而合作起来。登场城堡的让，跟卡格依面对面地相见。卡格依以娜迪娅等人的生命为交换条件，要让交出Blue Water，不过……
9尼莫的秘密
新亚特兰蒂斯的基地崩坏了，用格兰坦克逃到海上的让等人向鹦鹉螺号寻求帮助，尼莫船长作出判断后决定救他们。娜蒂娅并不显得怎么高兴，不过，让和汉森对鹦鹉螺号的科学力量惊叹不已，格兰蒂斯竟对尼莫一见钟情。另一方面，第一次见到娜蒂娅的尼莫感到惊讶。
10格兰坦克的活跃
尼莫命令让和娜蒂娅分开房间。另一方面，鹦鹉螺号被卡格依的飞行船カルカロドン追击，在逆流的地下水道被新型的浮游机雷团团包围。迷恋尼莫的格兰蒂斯向尼莫提出让修理结束后的格兰坦克去排除水雷的方案。