1开端

穆德和史卡莉讲述了他们在南极的冒险（电影《征服未来》），争取恢复X档案，遭到了一致否决。他发现史邦德和戴安娜接替了他们的工作。亚利桑那州发生了一起事件，斯基纳怀疑与穆德搜寻的外星人有关，透露给了穆德。穆德和史卡莉去了核电站但是被拒绝进入，随后发现神童吉布森在他们车里，原来癌人想利用他与“那家伙”的联系找到它，而吉布森偷跑了出来。戴安娜找到穆德，带他进入核电站，而吉布森跟着史卡莉来到医院检查，却被影子政府的人带走。在核电站中，穆德看到了吉布森，一路追踪，到达外星人把所在的地点后却被关在门外，眼睁睁看着它把影子政府的人干掉，回头却面对着戴安娜黑洞洞的枪口……史卡莉告诉穆德，“外星人”的DNA存在于人类的身体里，我们每个人都可能是外星人……

2向前冲

内华达州，警方迫停了一辆盗窃来的轿车，没想到车里的妻子头骨爆裂而死。穆德史卡莉正在就购买化肥例行检查，在电视上看到这一幕后立刻赶到。被捕之后，丈夫克兰普也出现了相同症状，送医途中设法拦下紧跟在后的穆德的车，两人开始了一路向西之旅……史卡莉尸检过程中发现可能传染，去当地检查，其他动物都死于头骨爆裂而一名失聪的老人毫发无损，于是认为与声音有关。与国防部官员谈话之后，她确认是一个放在克兰普家附近的天线交换盒发出了超低频的声音，这声音与头骨共振造成的。史卡莉设法联系穆德，让他开到最西端的海岸线，自己在那里等他，准备探针刺穿克兰普内耳减轻压强。最终穆德开到了，然而克兰普却在这之前头骨爆裂……

3百慕达惊梦

失踪六十年的“安妮皇后号”又出现在了百慕大三角地区，穆德闻讯立即赶去，却遭遇了奇怪的场景：他不仅穿越回到1939二战时期，而且那里面的人物都由现实中的人扮演，史卡莉、癌人、斯基纳……他由于知道谁是制作炸弹的科学家而被纳粹抓起来，随即引发了一场大混战，他和“史卡莉”跑了出来。穆德认为只有“史卡莉”能救这艘船并把自己送回去，还趁机吻了她……现实中，三剑客找到史卡莉报告穆德失踪，史卡莉找斯基纳、上司、史邦德求援，只有斯基纳向她施以援手，史卡莉和三剑客登上了“安妮皇后号”，然而与穆德看到的不同，船上是一片破败景象。他们终于救下穆德，还沉浸在梦中的穆德向史卡莉表白……

4梦境（上）

穆德和史卡莉接到密报，说在内华达军事基地发现飞碟，他们赶到那里，却发生了时空错位，穆德和要员莫里斯交换了身体。莫里斯很享受这新的身份，他凭借自己的油嘴滑舌很快成为新任局长助理克许身边的红人，但穆德却备受煎熬，他不得不接受两个孩子和一个濒临离婚的家庭。另一边，飞行员和一个印第安老太太互换了身体，搞得基地里焦头烂额，穆德认为这是飞碟坠毁造成的。穆德向史卡莉解释身份互换的事情，却解释不清楚，于是他打算偷飞行记录仪给史卡莉予以证明，被军方当场抓获……

5梦境（下）

穆德被关了起来，但旋即释放，因为阴差阳错，他把假的记录仪给了史卡莉，军方都认为这是穆德引蛇出洞的计谋，穆德也顺水推舟。另一边，莫里斯邀请史卡莉到“他家”吃晚饭，途中被史卡莉揭穿身份，这时线人恰巧打来电话约见，两人赴约。没想到线人是魏格曼将军，他将真记录仪给了“穆德”。与此同时，“莫里斯”为了摆脱监视也来到这家餐厅，三人相遇，魏格曼用计使“穆德”脱身。史卡莉把记录仪给孤枪侠看，三人也是一筹莫展，得知回归身份无望，穆德和史卡莉依依惜别。基地里另一名要员悟出来时光反转的方法，他半路拦下了穆德等人，众人静静等待……时光反转，但并不能逆转一切，穆德回到自己公寓，惊愕的发现莫里斯对家的改装，怀疑自己走错了房间……

6圣诞幽魂

圣诞夜，史卡莉被穆德拉到了马里兰州一座据说闹鬼的建筑中。史卡莉絮絮叨叨说着这一切都是人大脑产生的幻觉，随后被打开的门吓了一跳。穆德没有嘲笑她，因为两人看到了埋在书房的尸首，穿着他们的衣服，之后又遇到了“鬼打墙”——总在书房里转圈。穆德决定自己先穿过门，史卡莉在原地守着，这个决定糟透了，门在穆德身后关闭，隔开了两人。他们分别遇到了这座房子的男女主人——男女鬼，穆德知道他们是什么，比较镇定，而史卡莉被吓得魂不附体。两个鬼先用心理分析法吓唬他们，发现不奏效后改用挑拨：先假扮穆德朝史卡莉开枪，又假扮史卡莉向穆德开枪，这一计划差点成功，直到穆德反应过来这都是幻觉，两人压根没有中枪。此时大门开了，两人惊魂未定地跑了出去……回到家后又心有灵犀的交换了礼物。

7亲密关系

一名弗吉尼亚警官来找史邦德报案，他妹妹晚上莫名其妙流产，史邦德却转手将文件粉碎。穆德看到了文件接手了案子，听了她妹妹的描述（发现卧室被火包围，一个魔鬼抓住她双腿抢走了孩子）发现她的丈夫维恩表现的十分怪异。穆德打电话给史卡莉让他帮忙调查，后者告诉他有药物流产的迹象，在搜查了前院后，警官带走了妹妹。在监狱中，维恩吸走了她的灵魂……维恩来到他的另一个家，他另一位妻子贝茜告诉他肚子中的孩子发育有些问题，于是维恩准备故技重施，却被贝茜识破了。此时穆德已经发现了维恩的怪物身份，驱车赶来，半路遇到了浑身是血的贝茜，贝茜控告维恩抢走了她的孩子。他们赶到她家，维恩还未来得及说出真相便被警官击毙。穆德推测，贝茜是更厉害的怪物……另一边，贝茜开着韦恩的车，旁边座上的婴儿露出一个畸形的手掌……

8雨王

穆德和史卡莉受邀到堪萨斯去调查一个人——雨王穆兹，他被怀疑控制天气牟利。通过对他的观察，两人发现他确实有能力改变天气。某天晚上，穆德的房间被牛砸中，在气象台工作的穆兹的前女友希拉在暗恋她的气象学家哈德陪同下赶来，她认为一切都是她造成的。穆德安慰了她，并细心的发现，在得知穆兹的腿是因为喝醉而断的时候，哈德显得如释重负。穆德找到他鼓励他勇敢的表白，哈德则希望穆德陪自己去，甚至释放了大雾来挽留将要乘飞机离开的穆德（这段笑尿了）。然而阴差阳错，希拉爱上了穆德并强吻了他，正好被哈德看见，于是外面开始暴雨……史卡莉前去开导希拉，告诉她爱情通常都出自友谊，希拉出去跟哈德吻在了一起，外面霎时间风和日丽……

9819号法案

斯基纳到体育馆里去锻炼身体，突然眼前一片模糊倒地不起，随后又接到了一个合成音打来的电话，警告他只有最后24小时的性命。穆德和史卡莉都来帮他，斯基纳想起在总部时有个男人抓他的手问时间，经确定是欧吉尔博士，穆德和斯基纳去找欧吉尔，结果欧吉尔被人带走了。史卡莉化验斯基纳的血液，发现里面的C原子正在自我复制，堵塞血管。穆德找参议员询问斯基纳正在检查的819号法案，参议员明显有所隐瞒，随后穆德找到欧吉尔被关押之地，得知欧吉尔已经死了。斯基纳再次住进医院，病情恶化。他感慨X档案未能重启，感觉对不起穆德和史卡莉，此时窗外的克里切克（又是这个老伙计……）将频率开到最大，斯基纳一度失去心跳，但随后克里切克把仪器关闭了，斯基纳捡回一条命。此时穆德史卡莉已经有了初步的推论，他们认为这是一种纳米仪器，进入人身体后可操控它进行复制。他们想要调查下去却被斯基纳制止，事件最终不了了之。

10心灵杀手

克许单独给了史卡莉一个案子，派瑞探员协助她，他怀疑一个记者菲林格有点问题，因为他总是在第一时间赶到案发现场。史卡莉翻看他的档案，惊奇地发现这个男人40年没有变化。一次，菲林格在拍摄一个被抢劫的男孩时，被歹徒在背上连轧数刀，事后竟然像没事人一样站了起来。警方抓住这个机会提审他，结果一无所获。史卡莉来到他家询问，他说他只是能知道人们的死亡时间，将死之人在他眼中成了黑白。他们找到一个妓女，一个男人在纠缠他，菲林格说妓女快死了，史卡莉上前制止了男子，但妓女随后被车撞死……穆德打电话告诉她菲林格已经活了将近200岁，且有好几个化名，而派瑞还是准备逮捕他。史卡莉来到他家通知他，菲林格看到史卡莉变成了黑白……派瑞闯了进来，向菲林格开枪，子弹穿过了菲林格打中了史卡莉，菲林格提醒史卡莉闭上眼睛，自己接受了死神的洗礼……