1新的大地！新的冒险!!
以宝可梦大师为目标，小智与皮卡丘来到未知的新天地——丰缘地区旅行。然而皮卡丘的状况却不大对劲。为了让发高烧呻吟不止的皮卡丘得到治疗，小智与丰缘地方出名的宝可梦研究家小田卷博士取得连络。原来皮卡丘是受到之前火箭队的攻击影响，体内累积大量的电气，再恶化下去搞不好会发生爆炸。于是吸取皮卡丘体内的电气治疗马上展开，但是皮卡丘太过庞大的电气能量却引发机械发生爆炸！意识不清的皮卡丘就这样逃到外面。小智与小田卷博士也马上紧追上去。不久，住在丰缘地方的小遥正踩单车往小田卷博士的方向来，打算领取初学者宝可梦以踏上宝可梦训练家之旅。个性开朗、活泼可爱的小遥一知道博士不在研究所，也马上追了出去。却意外遇到小田卷博士被一群野生的土狼犬逼得走投无路，小遥按照小田卷博士的指挥抛出精灵球想要与土狼犬战斗，却因毫无操控宝可梦的经验反而遭到水跃鱼的水枪攻击。而终于找到皮卡丘的小智又遭遇火箭队三人组的围追堵截，为了捕捉皮卡丘，火箭队研制了一部巨大的电力吸收装置，想要吸取皮卡丘的电量。结果这台机器因为吸走了皮卡丘身上累积的多余的电量反而帮助皮卡丘恢复了正常，随后机器由于吸收电量过多而发生爆炸，火箭队被炸飞，皮卡丘也恢复健康。回到小田卷博士的研究所，小遥从三只初学者宝可梦中挑选了火稚鸡作为自己的伙伴。小遥对自行车因皮卡丘的电击而报废很不满，想找小智抱怨几句，却被小智彻夜不眠照顾皮卡丘所感动。第二天，小智正式开始在丰缘地区的旅行，为参加宝可梦联盟大赛做准备。小遥也决定与他同行。
2古代宝可梦与神秘军团！
小智与皮卡丘在丰缘地区展开新的冒险之旅。由于诸多原因，为了与新人宝可梦训练家小遥一起登录参加丰缘联盟，正往宝可梦中心所在的古辰镇前进。小遥对宝可梦的了解依然很生疏，一路上可用手忙脚乱来形容。最后勉强来到宝可梦中心的一行人，从在中心研究古辰遗迹的梅兹博士那里听到有关古代宝可梦之谜的故事。据说博士最近已解开该谜题。也就在这个夜里，数个身穿红色制服的人突然出现把梅兹博士掳走。这些神秘人的目的到底是什么？古辰遗迹到底隐藏着什么秘密？
3橙华道馆对抗过动猿！
小智等人完成参加登录丰缘联盟的手续，为了挑战在丰缘地区的第一场道馆战，意气风发的向橙华市前进。可是小遥抵达橙华市后，就好像有意避开道馆，在街头跑得不见踪影，留下小智一人前去橙华道馆。应声开门的是一位向往成为宝可梦训练家的小男孩。他一看到小智就滔滔不绝地提起小智在城都联盟中对战的失误。小智听得很不高兴，要与橙华道馆馆主对战，男孩称自己就是道馆馆主，小智并不相信。争吵中，小遥和一男一女突然出现。男孩称呼小遥为姐姐，小智这时才知道，原来小遥是橙华道馆馆主千里的女儿，而那个男孩是她的弟弟小胜。千里和美津子夫妇得知小智是小遥的朋友后很高兴，留小智吃饭，小智问起橙华道馆的比赛规则，被告知是三对三的战斗。但小智此时身上只带着一只皮卡丘，他想再多收服几只宝可梦再来挑战。千里于是提出先进行一场非正式的训练赛，小智使用皮卡丘对战千里的过动猿，虽然落败，但小智的实力得到了千里的赞许。这时火箭队三人组出现，意图把皮卡丘和过动猿一起夺走，结果混乱中误把火稚鸡当作皮卡丘抓走。小智一行人追赶出去，过动猿与皮卡丘合作打败了火箭队。小胜决定与小智和小遥一起旅行，临走前，千里送给小智和小遥每人一个徽章盒，同时交给小胜宝可梦导航器。
4傲骨燕多多危险多多 在橙华森林收服它
小遥的弟弟小胜也一起加入小智的旅行。不管怎样，一行人热热闹闹的向附近最近的宝可梦道馆所在地卡那兹市前进。森林中小智等人遇到燕子宝可梦的傲骨燕，不仅食物全被抢走，还遭到争夺地盘的傲骨燕群的袭击。其中一只不服输的傲骨燕受到皮卡丘的十万伏特攻击，就是不肯服气。小智一行人被傲骨燕军团包围，陷入大危机。此时跳出来搭救一行人的，竟是之前在常磐市分别的小刚！脱离危机后，小智等人都很高兴这次的再会，小遥与小胜也很快的与新同伴打成一片。但是看上傲骨燕的傲气的火箭队，又打算利用傲骨燕来捕捉皮卡丘的作战计划。小智收服了那只不肯认输、死缠烂打的傲骨燕，并且用它与皮卡丘一起打跑了火箭队。告别傲骨燕群后，小智一行人继续前进。
5蛇纹熊与短裤小子小遥的第一场战斗
以卡那兹市为目的地而持续旅行的小智等人在森林遇到体形大得离谱的豆狸宝可梦蛇纹熊。结果发现其实那是穿着短裤、想接触大自然、套着宝可梦布偶想了解宝可梦的心情的古怪少年--阿奇变装的姿态。虽然阿奇由于小智等人的关系没有抓到蛇纹熊，不过正打算到橙华道馆挑战的他，得知小遥是道馆馆主的女儿，便趁此机会向小遥提出对战的要求。小遥接受了挑战，然而还是初学者的她毫无战斗经验，自然很快的输掉这场比赛。阿奇颇为得意，一时失言橙华道馆太容易打赢了，而后得意洋洋的跑去继续抓蛇纹熊。小遥心不甘愿，但也只能在心里抱怨。但是弟弟小胜却吞不下这口气，认为对方可以轻视小遥，但不能让他轻视作为道馆馆主的父亲。于是独自一个人采取个别行动想要报复阿奇，结果却陷入蛇纹熊群的包围，危急时刻还是阿奇及时赶到，帮小胜解了围。小胜对自己的行为非常惭愧，向阿奇道了歉，双方冰释前嫌。这时火箭队再度出现，试图捕捉蛇纹熊，众人齐心合力将火箭队打败，而阿奇也终于如愿收复蛇纹熊。
6火箭队！乱抓，再见了！
前往卡那兹市的小智一行人来到一座森林，听说最近这一带目无法纪的宝可梦盗猎者很猖狂。由于发现了盗猎者使用的捕获网的一部份，小智一行人遂加入帮忙君莎小姐追捕犯人。火箭队三人组偶然发现宝可梦猎人阿隆抓到的大量有毒宝可梦阿柏蛇与瓦斯弹，原来他是受雇佣来捕捉毒属性宝可梦的。由于长期以来的好搭挡阿柏怪与双弹瓦斯就是由阿柏蛇和瓦斯弹进化而来，对这两种宝可梦有深厚感情的火箭队，下定决心要救出这群宝可梦并把它们收为同伴。但是这个行动被盗猎者阿隆发现，火箭队的阿柏怪与双弹瓦斯也成了他想要捕捉的目标！面对使用实力强大的宝可梦大嘴雀、班基拉斯的阿隆，火箭队完全无反抗能力！但是喵喵顶着强力的高压电击拼命放出了所有的瓦斯弹和阿柏蛇，并且由武藏和小次郎拼死拖住阿隆的行动，让双弹瓦斯和阿柏怪保护大家迅速逃跑。阿隆打倒了火箭队，试图重新捕捉逃走的阿柏蛇和瓦斯弹，但被赶来的小智一行人和君莎小姐截住，君莎小姐命令阿隆立即释放盗猎得来的宝可梦，阿隆恼怒地说那些宝可梦早已被其他人救走了，小智感慨这个世界还是好人更多。告别了阿柏怪和双弹瓦斯的火箭队三人组走在森林中，仍念念不忘它们能否保护好自己的同伴。这时之前在他们被一群大针蜂围攻时伸出援手的那只刺球仙人掌再度出现，手里还拿着小次郎先前送给它那袋食物。小次郎将食物喂给刺球仙人掌吃后，刺球仙人掌非常开心，于是加入了火箭队，成为小次郎的新宝可梦。
7木守宫之森！保护巨大树！
旅行途中，小智在森林遇到以前就很中意的森林蜥蜴宝可梦木守宫，他兴奋地想马上收服木守宫，但是却不小心从山坡上滚下去。与小遥等人走散的小智，滚到了一棵枯萎而神秘的巨大树附近，并遭到一只离群独居的木守宫的攻击。小智派皮卡丘应战，但还是被木守宫敏捷的身手给压制住。这时，一只年长的木守宫带着另外几只木守宫突然介入，结束了这场莫名奇妙的战斗。原来那些木守宫的目的是来带走这只独居的木守宫，它们对于这只顽固的木守宫不肯离开巨大树的行为深感头痛。而由于这只木守宫是在这棵树上出生的，因此它坚持要照顾这棵树。木守宫的行为让小智非常感动，于是他用实际行动全力支持这只一心一意要照顾巨大树的木守宫。这时候，火箭队突然出现，企图大量捕捉木守宫，而小智的皮卡丘也被一起捉走。木守宫挺身而出，巧妙地引诱刺球仙人掌用飞弹针刺破了火箭队的气球，从而使大家趁机逃脱。经历此事后，木守宫得到了同伴们的理解，但那棵巨大树终于还是因过度衰老而倒下了。接着，木守宫向小智发出了挑战，小智派出皮卡丘打倒了它并顺利将其收服。最后，木守宫种下了巨大树留下的种子，告别同伴跟随小智一起离开。
8饭匙蛇对抗木守宫！必杀的拍击攻击！
小智一行人在森林公园用餐，这是旅行中最快乐的时间之一。但是有个黑影躲在草丛中专门瞄准这快乐的时刻，原来是毒蛇宝可梦饭匙蛇想要偷走食物。小遥的宝可梦火稚鸡不仅被抢走了食物，还被饭匙蛇玩弄于股掌之间。不过小智的木守宫很快的以漂亮的身手救下了火稚鸡！可是，愤怒的饭匙蛇的反击也让木守宫的右手受了重伤。木守宫被小智等人紧急送去宝可梦中心，治疗过后虽然没什么大碍，但是木守宫无法接受自己被饭匙蛇打败，便悄悄离开宝可梦中心，打算独自找饭匙蛇做个了结。与此同时，火箭队也遇到了饭匙蛇，他们的食物也同样被饭匙蛇一抢而空。怒火中烧的武藏对着饭匙蛇一顿拳打脚踢，并最终成功收服了它。而小智他们在瀑布旁边找到了木守宫，原来它正在独自进行着严酷的特训，以求变得更有力量。这时火箭队出现并派出新收服的饭匙蛇攻击众人，木守宫将饭匙蛇打败，成功地赢回了自己的尊严。
9怪奇！蘑蘑菇大宅之谜？
前往卡那兹市的旅途，小智一行人穿越广大的森林，终于来到睽违已久的城镇。一行人分成二组行动，享受都市生活的乐趣。小智带着小胜一顿饱餐后，在街头发现一只因害怕躲在巷中发抖的蘑菇宝可梦——蘑蘑菇。蘑蘑菇最初对小智等人深怀戒心，不过很快的就对温柔呵护自己的两人打开心扉，而小胜对本来应该住在森林的野生蘑蘑菇为何会在城市出现，感到很不可思议。两人带着蘑蘑菇行走在街上，但在经过一栋老旧的房子前面时，蘑蘑菇突然跑进大宅子里面！于是小智等人慌张的追了上去。同时，在街上购物的小遥与小刚听到了镇上被诅咒的大宅院的谣言……到底蘑蘑菇是发生什么事了呢？那个大宅子里面到底有什么东西在呢？
10史上最强的大嘴鸥出现了!!
旅行途中，小智一行人发现一所号称拥有“世界最强的宝可梦”的民间道馆。虽然“世界最强”一词令人怀疑，但一行人仍兴致勃勃的前往挑战。里面走出来的是少年安东尼与水鸟宝可梦大嘴鸥。小智马上与这个人展开对战，可是作为水属性宝可梦的大嘴鸥竟然接连使出使出草属性招式藤鞭、火属性招式喷射火焰、电属性招式打雷等，这些不合常理的招式变化，将木守宫、傲骨燕纷纷打倒，皮卡丘勉强打成平手，可是也是两败俱伤的局面。小智虽不甘心，但也带三只宝可梦到宝可梦中心治疗。火箭队想要抢来这只世界最强的大嘴鸥，结果偶然发现最强的宝可梦大嘴鸥那变幻自如的招式秘密，原来就是安东尼事先在大嘴鸥的口中藏好了装有鸭嘴宝宝、喇叭芽、小磁怪等宝可梦的精灵球。火箭队于是以将此事告诉别人而威胁安东尼与他们合作，迫于火箭队的压力，安东尼只能屈从。小智一行人在宝可梦中心治疗受伤的宝可梦时，得知有很多训练家的宝可梦被夺走。他们重新赶回安东尼的道馆，却看见火箭队在使用大嘴鸥同大家对战，并且火箭队称挑战者若是战败就要没收挑战者所使用的宝可梦。小智派皮卡丘去迎战，仍然落在下风。小胜觉得情况非常不正常，于是一个人偷偷溜进道馆内部，想要找出世界最强的秘密，结果遇到了被火箭队控制的安东尼。安东尼坦然向大家承认的自己不应该使用不正当的手段，并用大嘴鸥和众人联手击败火箭队。在战斗中，安东尼意识到大嘴鸥确实很强，于是下决心要将它培养成真正意义的世界最强。
