1启动
21世纪中期，经历惨烈的“境界战”后，日本遭受全球四大经济体割据统治。热爱机械的少年椎叶海士，生为日本人的身份使他对未来不抱希望，某天他在山中遇到了能够自主思考的人工智慧“垓”，并为了保护朋友，而搭上人型特殊机动兵器“AMAIM”，海士与世界的命运就此转变。
2出航
在大洋洲军的袭击之下逃过一劫的海士与垓踏上逃亡之路。某天，饥饿难耐的海士在深山中走进了一座小小的田地，并在那里遇见了好心的老夫妇，靠着他们的帮助继续前进。然而，挡在前方的是以行动统一著名的亚洲军，海士是否能顺利逃出生天呢？
3战斗的理由
遭受亚洲军攻击的海士与垓，被一架未曾见过的神秘AMAIM拯救，其战斗力之强大，转眼间就把亚洲军的无人机部队全数击倒。这架AMAIM带领海士他们来到一个秘密营地，原来是诉求日本复权的反抗军组织“八咫乌”的根据地。海士会加入他们吗？悄悄袭来的黑色机体又是何方神圣？
4離別
偷袭八咫乌营地的黑色机体，竟然是杀死雅心父亲的神秘无人机“鬼魂”，即使海士与雅心同心协力，仍然难以敌过鬼魂的强大实力。四处袭击各方组织的鬼魂，背后究竟是谁在操控？八咫乌遇袭之后伤亡惨重，海士也受到了沈重的打击，究竟他的决定会是……？
5决心
海士来到了莉莎的故乡，想跟莉莎的亲人或朋友告知她的消息。占据此地的亚洲自由贸易协议派驻了一位新的代理执政官，而他却利用权势暗地里进行不道德的勾当，并打算将魔爪伸向莉莎的朋友们。才刚经历生离死别而大受打击的海士，是否能够振作起来战斗，保护大家呢？
6旅途
一边避开亚洲军耳目，一边朝反抗军总部前进的海士和雅心，因机体受损而进城采购零件。不巧，居心叵测的大洋洲军发动了攻势，而进行反击的亚洲军，却已无暇顾及城中居民的安危。此时一架神秘机体横空而出，说要“处罚”大洋洲军和亚洲军，这架机体究竟是何方神圣？
7讨伐
海士与雅心和新成员史恩会合后，三人一起前往八咫乌反抗组织的总部。与此同时，北美军在布莱德的率领之下，决定潜入亚洲军的地盘，揪出鬼魂并将其捕获。缠斗中，布莱德展现了过人的指挥与战斗能力，但鬼魂却以惊人的速度学习成长，究竟他们谁能胜出？
8重建的敲击声
抵达八咫乌总部之后的海士、雅心与史恩，暂时放下机体与战斗，参与一个山中废村的重建任务。原来八咫乌不只是个反抗作战组织，为流离失所的日本民众重建家园，也是复兴日本的重要任务之一。他们能成功将没水没电的废村，打造成适合人居的地方吗？
9自治区
Gashin bumps into Yuusei and learns that his foster brother has accomplished a great feat. He built an autonomous city for the Japanese people to safely live in. Yuusei asks Gashin to join him and live a normal life, but not everything is as it seems.
10远征
A separate Resistance group in Tohoku called Arahabaki is under attack by the Eurasian military, and is in need of help. Amou, Gashin, and Shion are sent to rescue the members of Arahabaki, and must find a way to break through their encirclement.