1到前线
泉守兼贞为了偷取时光逆行军的货物，投靠幕府末期的菜鸟堀川邦弘。 两人奋勇拼搏完成任务，等待他们的却是新的指令：“1863年某城下町，新的时逆军出现。” Izuminokami 和 Horikawa 准备利用这些有限的信息拦截敌人。 然而，这两把剑却无法抵挡数量众多的敌人。 危难之际，他们的主人“佐庭”出现了。
2指挥官
在六神义行的帮助下，药玄藤四郎、天忘切、泉守和佐庭前往城池追击时逆行军。 Mutsunokami 带头冲锋，目睹了城堡武士在逆行军手中的屠杀。 为了查明时光逆行军袭击城堡的真正目的，泉守等人必须留在这个时代继续调查。 Saniwa 将 Izuminokami Kanesada、Mutsunokami Yoshiyuki、Horikawa Kunihiro、Yagen Toushiro 和 Tonbokiri 命名为第二部队，并任命 Izuminokami 为该部队的领导者。
3主人的命令
随着轮船的意外爆炸，港口陷入混乱。 尽管六神竭尽全力营救船上的幸存者，但他还是发泄了无法拯救所有人的愤怒和遗憾。 随着六神越来越情绪化，泉神试图说服他听从道理。 两个剑无双之间的分歧开始撕裂这个单位。 Izuminokami 分兵调查 Roushi（无主武士），认为 Time Retrograde Army 会操纵 Roushi 和他们的排外意识形态以实现军队的计划。 然而，Mutsunokami 听了 Rousis 的愿望，他开始担心他们的安全。
4我想保护的
1868 年 3 月，以泉守为首的第 2 部队抵达江户。 他们的新使命是“确保 Kaishu Katsu 和 Takamori Saigo 之间的会面按照历史发生。” Saniwa 预计 Time Retrograde 会尝试干预，因为会议是一个至关重要的事件，将成为日本历史的转折点。 Izuminokami 和 Horikawa 对这个时代有想法，因为它是他们的正式主人曾经居住的地方。 时间逆行军出现在会议的最后一天，然而，巡逻的第二部队遇到了强大的对手大太郎。 另一方面，药根潜入军舰追捕本不应存在于历史上的柔石。 亚根试图阻止战舰用大炮轰击会场时，时间逆行军包围了他。 就在这千钧一发之际，第二部队的最后一名剑士出现了。
5战火
第二部队的最后一名剑士鹤丸国永从时空扭曲中出现在了时逆行军占据的战舰上。 救下八元后，鹤丸与泉守和六守会合，打败时逆军夺回战舰。 与此同时，大太郎压倒了 Tonbokiri 和 Horikawa，他们拼命想保护会议不被打扰。 当另一艘军舰轰炸江户并将该镇吞没在火焰中时，情况变得更糟。 第二单元现在被逼到墙角……
6城堡
1565 年，随着第二支部队回到城堡，第一支部队现已在京都动员起来。在山埕切国弘担任队长的情况下，第一支部队接到指示，调查一种能够突破时间之墙并停止时间的噪音 逆行军从此改变历史。 为了查明时逆行军的动机，山埭利一行人前往王都。 在这个本应平静的小镇上，他们听说有一个街头杀人犯四处游荡，他的脸藏在恶魔面具后面。 第一小队认为这名杀手可能是潜在历史变革的关键，因此开始了他们的调查。
7第一部队
1565 年，随着第二支部队回到城堡，第一支部队现已在京都动员起来。在山埕切国弘担任队长的情况下，第一支部队接到指示，调查一种能够突破时间之墙并停止时间的噪音 逆行军从此改变历史。 为了查明时逆行军的动机，山埭利一行人前往王都。 在这个本应平静的小镇上，他们听说有一个街头杀人犯四处游荡，他的脸藏在恶魔面具后面。 第一小队认为这名杀手可能是潜在历史变革的关键，因此开始了他们的调查。
8保护历史
在击败未知的街头杀手后，第一部队留在首都而不是立即返回城堡。 在首都，Yamanbagiri 和他的小队决心帮助市民从时间逆行军的袭击和扭曲的历史中恢复过来。 与此同时，泉守思索保护历史的意义，请求二队刀剑士再次与他并肩作战。 这一次，泉守想要战斗，不是按照御主的指示，而是出于自己的意志。 带着新的决心，第二部队开始了新的任务。
9原主人
新的第二部队的目的地是1866年的京都伏见。时逆行军企图攻击构成佐佐同盟的关键人物坂本龙马，从而干涉寺田屋事件。 第二部队必须按照穆津守的计划设法阻止时间逆行军。 然而，即使Mutsunokami有意避免与他的前主人接触，他最终还是不得不在龙马危难之际拯救龙马。 面对曾经的师父，内心挣扎的六神……
10忠诚的目的地
第二部队保护了“寺田屋事件”，让历史完好无损。 Saniwa 怀疑有更多时间逆行军成员躲藏起来，因此第二部队留在伏见以保护坂本龙马免受进一步的危险。 与此同时，堀川对他以前的主人土方俊三的感情越来越深，他正在为自己作为剑士的目标而苦恼。