1失控扩张者
身体机械化的“扩张者”与有着一般肉体的人类共同生活在社会之中。而乾十三则是以解决扩张者引发的问题的职业“处理屋”维生。有一天，一个全身扩张者的壮汉出现在十三面前，并委托十三保护一名少年。然而，在十三在接下委托之后，突然有一位修女出现在他眼前。修女表示少年是被人从孤儿院诱拐出去的，并要求十三将少年交给她，然而……
2扩张体远程操控装置
十三所保护的少年.铁朗正遭到巨大企业贝鲁联公司派出的追兵追赶。十三在与修女战斗的过程中坠落到了地下水道，并从全身扩张者的壮汉口中听说了铁朗在贝鲁联公司的主导下、被埋藏在身体之中的真相。之后，十三徒手停下了载着铁朗、正准备返回设施的列车，并再次和修女展开对峙。在击退修女之后，十三带着铁朗准备将他藏匿起来。这个时候，贝鲁联公司派来的某个人物出现在十三面前，并与他进行交涉。
3提线木偶
九星会管理的移民街“九星窟”接连发生了小孩遭不明人士袭击的事件。犯人夺走了小孩扩张的手脚，并且悬吊在醒目的地点。九星会认为这是反扩张技术派.斯匹兹卑尔根对九星会发起的挑衅行为。九星会虽然委托十三寻找犯人，但十三则认为这是贝鲁联公司留给自己和铁朗的信息。
4扳机
杏和安蒂这两位少女是受到贝鲁联公司命令执行任务的扩张者。康宁汉对于这两人没能完成使命感到不满，但在得知这时现身的十三“里面”的人就是铁朗后，他高兴得无以复加。为了实行他原先打算对十三进行的某个目的，康宁汉夺去了安蒂的自我，并让她失控。铁朗试图透过调和远距离操纵变成失控扩张者的安蒂，然而他自己如今也已经濒临极限。
5扩张者管理局
十三来到理发店保养他的“枪头”时，复兴厅扩张者对策局（EMS）的奥莉薇出现了。她表示要以违反EX法的嫌疑限制十三的行动自由，于是十三就这样被奥莉薇带走了。移动途中，奥莉薇在车上要求十三履行两人之间的“约定”，这个时候逃亡中的囚犯突然现身，并与路上的车辆产生激烈碰撞。摆脱拘束器的囚犯开始疯狂大闹，并且企图袭击和十三同行的斯卡蕾特等人。
6英雄
囚犯贡德里在逃亡后开始四处杀人，十三在接受了奥莉薇的委托后着手寻找他的下落。为了能在公开场合制裁贡德里，奥莉薇表示希望能够将贡德里活捉回来。在造访杀害现场时，十三遇见了克罗涅。然后，十三察觉到了被害者彼此之间的关系，随后便和克罗涅赶往“下一位被害者”的所在地，而那个人就是世界首位全身扩张者，同时也是被世人视为英雄赞扬的“麦加阿姆德斋”。
7过热
在勉强击退袭击而来的贡德里后，十三向阿姆德斋询问他会被贡德里盯上的理由。整件事情的起因必须从贡德里杀害自军士兵、人称“诺斯史考特的恶梦”的事件说起。另一方面，复兴厅为了掩盖这一连串的事件而解除了奥莉薇局长的职务。如今十三已经没有继续插手管这起事件的理由，同时克罗涅表示十三应该从这起事件中抽手。
8遗志
将“诺斯史考特的恶梦”真相隐藏起来的不是别人，正是麦加阿姆德斋。他担心十三等人会查明事情的真相，于是企图将他们杀害。十三和麦加阿姆德斋的战斗虽然看似不分上下，但十三最后却因为前一场战斗累积的伤害而败给了麦加阿姆德斋。然而，乍看之下已经完全遭到破坏的十三体内的内藏程序却突然启动，并再一次展开了战斗。但是，此时的十三已经变成了一个失去自我的疯狂扩张者。
9残响
为了对铁朗和十三进行身体维护，玛丽搬到了乾相谈所。铁朗在维护的时候向玛丽问起了成为扩张技师的理由。虽然玛丽不太想回答，但还是坦白自己想要找一个人，如果当上技师的话也许还能再次见面。这时，一名倒在楼外的扩张者被抬了进来。他叫柯尔特，是玛丽曾收治过的病人。
10幻肢
哥鲁多持有的扩张体零件是梅雅莉的哥哥.维克托制造的。为了找出维克托的线索，铁朗和梅雅莉决定动身寻找哥鲁多的下落。过程中，发生了一起爆炸而引发骚动，而这场爆炸正是哥鲁多制造的，他就是斯匹兹卑尔根恐怖攻击行动的执行者。另一方面，十三也接受了某项委托，寻找和反扩张主义团体斯匹兹卑尔根之间有所关联的男子。而再过不久之后，他将得知斯匹兹卑尔根真正的目的。