1游戏的继承者
游城十代在去参加高校的入学考试途中，遇到了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得了一张卡片。十代到达考场时已经迟到，而库洛诺斯教授却因十代的记录成绩不好而拒绝补考。十代与库洛诺斯的决斗开始了，库洛诺斯的稀有卡“古代机械巨人”有着3000的攻击力，十代受到了重创。在最后关头，十代感到了卡片传来的声音，那是从游戏手中得来的卡 “羽翼栗子球”……。在最后十代终于打败了库洛诺斯进入了游戏学院
2火焰翼人
决斗学园的生活开始了，十代被分配到了一个叫奥斯里斯·红的宿舍，这里是所谓的劣等生的聚集地。十代与住在奥比利斯·蓝宿舍的优等生万丈目发生口角，约定在深夜以卡片作为赌注决斗。十代与万丈目的决斗开始了，因为没有注意到万丈目的夺取对方融合怪物控制权的战术，十代陷入了被自己的主力怪物攻击的危险境地。最后十代抽到了一张卡，露出了笑容。可是这场决斗还是没有分出胜负。
3人工智能明星
库洛诺斯教授假借明日香的对十代设下陷阱，想让他变成偷看女生的色狼好被赶出学校，但是翔却上当了。为了救回被困在女生宿舍的翔，十代与明日香的决斗开始了，明日香卡组里华丽强力的怪兽登场，把十代逼入困境，此时十代召唤出了新的元素英雄……。计划再一次失败的库洛诺斯教授还是不肯善罢甘休。
45重合体！VWXYZ
每月一度的考试到来了，刚睡完懒觉爬起来赶去的十代，在路上因为帮助一个欧巴桑迟到了。笔试考试结束后，学生们都去购买部入手新的卡片，迟到的十代却没赶上，但他从购买部的欧巴桑那里得到了一张进化之翼的卡。实战考试中十代与万丈目再次交锋，面队对万丈目强大的VWXYZ的5体连携， 十代显得有些力不从心。可是借助进化之翼的力量十代还是打赢了决斗但是他却并没有因此升级。
5暗之恶魔卡组
十代一行人进入了其他学生口中的鬼屋，去寻找明日香哥哥的消息，行为古怪的泰坦出现在十代他们面前并提出了决斗。受雇于库洛诺斯的自称“暗之决斗者”和十代的决斗开始了，泰坦的卡组似乎具有黑暗游戏的危险性质，十代的生命值削减的同时，身体的一部分也同时消失。
6天使小精灵的奇迹
十代和泰坦的决斗依然继续着，泰坦不停地向十代发动攻击，削减他的生命，十代的身体慢慢消失。即将失去意识的瞬间，十代被羽翼毛球的声音唤醒。正当众人以为泰坦的诡计被识破之时，真正的黑暗游戏开始了，十代在黑暗中与泰坦展开了最终决斗。与此同时，还有另一个人，也听到了羽翼栗子球的声音。
7翔的交通工具卡组
由于私自去了幽灵屋，十代和翔被处罚惩罚双人决斗，如果他们不能战胜库洛诺斯教授选择的对手，就要被退学。翔的特训决斗开始，翔的卡组是交通工具卡组，决斗中十代发现翔在某次抽卡时表情怪异，后来得知原来是抽到了“力量结合”，一张超强力的卡。翔曾经有痛苦的经验，因此不能使用这张卡。
8最强！电子终结龙
十代知道了翔的伤心事，于是去挑战翔的哥哥，被称为凯撒的强豪决斗者亮。十代与亮的决斗开始，亮是以“电子龙”为基础，以融合为主题的卡组，和十代的英雄卡组有共同之处。大家互相承认了对方的实力，看到与亮对战的十代，情绪失落的翔的心中似乎摆脱掉了什么。
9一击必杀！翻桌子
隼人的父亲前田摩山，不想隼人继续在决斗学校，要他回家去。隼人与摩山的决斗开始，世界高知名度的决斗者摩山卡组以一击必杀而出名，称为醉汉卡组，这让大家惊叹不已。隼人以考拉怪兽对抗，熊蔵的醉酒怪兽不好对付，并且使用了一击必杀的永续魔法卡“回到饭桌”。
10十代和翔！双人决斗 前篇
为了留在学校，十代和翔与迷宫兄弟的决斗开始了。迷宫兄弟是教授特意请来，传说中的强劲双人决斗者，迷宫兄弟用了几个回合就召唤了“雷魔神”“风魔神”“水魔神”，并融合召唤出了守护魔神。十代很高兴能和迷宫兄弟决斗，但是翔却带着不安的情绪，不太敢于进攻。
11十代和翔！双人决斗 后篇
十代和翔与迷宫兄弟的决斗还在继续，在攻击力3750的守护魔神面前，十代和翔陷入苦战。十代鼓励翔要积极向前，想帮翔找回自信，他使用魔法卡盾崩坏，守护魔神被破坏了。迷宫兄弟支付出一半的基本分，召唤出了强力的攻击力3800的黑暗守护神，危机中的十代和翔有没有胜算呢？
12酸素+水素=H2O水龙
黄宿舍的三泽无论学习、体育、 决斗都是新生里排第一的优等生，三泽想知道十代享受决斗的原因。另一方面，万丈目因为败给了十代，在蓝宿舍里面的地位开始动摇，于是他以留在学校作为赌注，挑战黄宿舍第一的三泽。三泽与万丈目的决斗开始，万丈目使用炎之卡组，三泽使用酸素、水素的小型龙，化合成水属性召唤出了强力的水龙。
13野生解放！SAL决斗
为了寻找行踪不明的万丈目，十代遇到了被人类研究改造的决斗猿SAL，SAL以女子作为人质企图逃走。十代与SAL决斗，SAL的卡组召唤出了猿系怪兽，通过“DNA改造手术”“野性解放”破坏了自己的怪兽，这似乎就在暗示SAL自己的未来。
14VS人造人-念力震慑者
寒假就要到了，学生们都回家了。喜欢研究异灵的高寺呼唤出了人造人的精灵，之后人造人出现了，说要把高寺作为祭品。十代追寻消失的高寺，与不完全体的人造人精灵展开决斗，人造人的永续魔法逐渐削弱十代的基本分，随后人造人在决斗中召唤了自己……
15青春的决斗网球
网球课上，十代把球击中了教授。网球部的热血部长绫小路出现了，绫小路误解了明日香的话，为了成为明日香的未婚夫，他提出了决斗的请求。十代与绫小路的决斗开始，绫小路的卡组充满了网球的特色，猜覆盖卡的种类，并且带有削弱基本分和强烈攻击的战士。在网球的古怪气氛中，十代有点困惑了。
16暗夜之哥布林王
深夜，蓝宿舍的学生被迷之巨人强逼决斗，之后夺走罕有卡的事件频繁发生，于是教授命令十代寻找犯人。黄宿舍的大原是一个很强壮的男子但他决斗并不厉害，他的死党小原有决斗的实力却比较怕事，因此经常落败，蓝宿舍的学生经常说他们是笨蛋。夜里，十代追捕犯人，结果发现犯人竟然是大原……
17抽卡！抽卡！抽卡！
十代喜欢买稀有的黄金面包，但这几天面包却不知道被谁偷了，犯人能在那么多面包中能偷走黄金包，看来是抽卡运很强的强者，最后他抓到了半野生化的原蓝宿舍学生大山。为了强化“抽”的力量，大山这一年都在大自然中生活的。十代与大山展开决斗，大山的卡组是以“抽”为赌注的卡组，十代能否获胜？
18VS游戏卡组（前篇）
学校又起风波，这次游戏学院要展视游戏王武藤游戏过去所使用过的牌组，大家因为都能一睹传说中的牌卡感到兴奋不已。小卖部得到了牌组的参观券，但是只剩下最后一张了，太阳神·黄的学生神乐坂与翔只要用决斗来争夺参观券。
19VS游戏卡组（后篇）
神乐从展示柜中偷走了游戏王的牌组, 并且用这个牌组和十代展开了对战。神乐坂拥有攻击力2800的混沌黑魔法师，局面变得很棘手。神乐信心满满，以为既然是游戏王的牌组，那就一定是无敌的……
20恋爱中的少女是很强的卡组！
决斗学院和北方学校的友好决斗照例进行，教授本以为会和去年一样，由优秀的丸藤亮作为代表参赛。没想到对方提出了异议，要求选举新的代表，而丸藤建议的人选竟然是十代，看来这次决斗会好玩起来了……