1最后的希望
2021年，东京地区。从不明生命体“原肠动物”毁灭性的破坏中复苏的人类，到现在生活中还是饱受它们的威胁。对付原肠动物的最后磐石就是民警，高中生里见莲太郎是隶属于天童民间警备公司的其中一个民警，他在某个事件的现场遇到了带著面具的怪男子──蛭子影胤。他发挥了压倒性强大的力量，别说是警官们，连莲太郎都不在他的眼里，他称自己是“毁灭世界的人”之后，便失去了踪影‧‧‧。
2疯狂假面
莲太郎接到招唤，和社长木更一同前往防卫省。在那里，东京地区有名的民警都到了。他们的委托人是东京地区的统治者“圣天子”，委托的内容非常奇怪，是去清除感染源原肠动物，并把被它吞入体内的箱子拿回来。这时，影胤突然出现，再度展现他压倒性的力量，并告诉他们，他也会出手夺取那个箱子，也就是会引起东京地区“大灭绝”的“七星的遗产”。
3命运之子
延珠被别人知道拥有肠原病毒的“受诅之子”，而在学校被孤立。虽然延珠还沉浸在悲伤中，却还是要去追击感染源原肠动物，并在莲太郎的面前，半自暴自弃的战斗，打倒了他们锁定的那只原肠动物。但是，在他们二人拿到箱子的时候，影胤再度出现了。影胤是“新人类创造计划”中诞生的机械化士兵，一击就让莲太郎失去力量，莲太郎想尽办法要让延珠逃走‧‧‧。
4漆黑的子弹
影胤一口气将29名民警们反击回去，莲太郎和延珠再度和他对峙。影胤释放出了能将一切反弹回去的绝对防御之盾，而莲太郎以自己"真正的力量"与他对抗。影胤是为了杀戮而被制造出来的影胤，他为了证明自己的存在意义而渴望斗争，莲太郎无法认同他的想法，两人产生剧烈的冲突。然而，就像在嘲笑他们两人激烈决战的结果一样，阶段V的肠原动物出现了－－
5红黑色的暗杀者
圣子天亲自委托天童民间警备公司执行任务，任务的内容是担任她自己的保镖。莲太郎虽然意愿不大，但因为辅佐官菊之丞不在的期间，圣天子要与大阪地区的领袖齐武进行会谈，而她的护卫官们又做了一些惹人不快的行动，而让他决定接下这个委托。从圣居回来的路上，莲太郎帮助了一个被一群无赖围著的少女，而这个穿着睡衣到处走，身上处处散发著奇妙氛围的少女缇娜，和他亲近了起来‧‧‧。
6悲剧又讽刺
天童木更因为妨碍了狙击手的任务，紧接著也遭到刺杀，想杀她的人竟是莲太莲所救下的少女－－缇娜。木更在莲太郎的救助下平安无事，二人判断敌方必定再次行动，他们提前帮圣天子更换了座车，但仍是遭受到狙击，延珠决定单独前去追击缇娜，莲太郎留下保护圣天子，延珠离开之後圣天子却对莲太郎说，缇娜的IP排行第97，而且是一名强化士兵‧‧‧‧‧‧。
7空寂静的月夜、黎明的天空
延珠在缇娜手中活了下来，只是被注射了大量麻醉药，将会昏迷二天。莲太郎在调查狙击现场时却发现，缇娜同时从四个方向对延珠开枪。在那同时，圣天子与齐武总统又将举行第三次会谈，因为延珠还在昏迷，莲太郎原想放弃，却仍是觉得有责任保护圣天子，而独自一人继续接下委托，为此莲太郎请未织帮忙分析缇娜的能力，并让护卫官保胁散播假消息，引缇娜到别处。莲太郎与缇娜的决战，结果是鹿死谁手呢？
8境界线的石碑
巨石碑结界突然受到原肠动物的攻击。圣天子前来寻找莲太郎，告诉他阶级IV的原肠动物毕宿五，跑进巨石碑结界，并在石碑里注入侵蚀液，使得石碑白化，而且在六天之後磁场就会消失并倒塌，但建造替代的石碑却需要九天，其中的三天如果没有人抵抗原肠动物，东京地区就会被原场动物淹没。因此请莲太郎组织由民警组成的"辅助部队"来与原肠动物作战，莲太郎能找到与他并肩作战的同伴吗？
9结界的守护者
为了保护东京地区，组成辅助部队最少要有三组六个人，但莲太郎的理想是找到五组十人。莲太郎带著延珠在人群中寻找合适的民警组时，却意外遇到许久没见的天童流师兄薙泽彰磨，有彰磨的加入，他们终於可以组成队伍了。而此时，木更也出现在他的面前，对他说她要加入，并且圣天子也解除了缇娜的剥夺排名处分。莲太郎的队伍虽然没有达到理想，也终於成行。以他们八人的力量，是否可以达成任务，成功保护东京地方呢？
10东京地区防卫战
在巨石碑崩塌之前，莲太郎等人还是像平常一样生活。为了分散注意力，莲太郎仍是前去帮外围区的“受诅之子”上课，并带她们去参观“回归之炎”，告诉她们回归之炎代表的意义，并察觉到，宿毕五攻击32号巨石碑，似乎有什麼特别的义意。在那同时，因为人们憎恨原肠动物，继而牵怒“受诅之子”，街上开始有人想要攻击“受诅之子”，到最後甚至用炸弹攻击外围区‧‧‧‧‧‧。