1试播集

Dana Scully被派去与Fox Mulder合作调查X档案。两人的第一个案子是去俄勒冈调查森林中的离奇死亡案，由此追查到过去三起相似的案件并找到了相关的证据。就在真相水落石出时有人截走了证据。真相掌握在谁的手中？

2深喉

M和S参与调查空军基地绑架自己的试飞员一案，M认为与UFO有关。深喉出场，警告他们不要插手。M执意调查，亲眼看到了使用UFO技术制造的飞机，后被基地洗脑，忘记了看到的一切，调查不了了之。

3吃肝人

马里兰州发生连环杀人案，死者的肝脏都被取走了。从现场取到的一枚奇怪指纹上，M和S追查到嫌疑人Tooms，并发现这是一宗每隔30年便会发生一次、已经超过100年的连环案件……

4联系

M的妹妹Samantha多年前离奇失踪，露宿在Okobogee湖边的一个女孩也失踪了，M认为两者都是被UFO绑架，展开调查。女孩的弟弟能从电视机的雪花屏中接收各种数码信息并以二进制码记录下来，M认为他是找到女孩的关键。最后女孩被送回，却没能告诉M任何有价值的信息。

5泽西恶魔

新泽西发现吃人的野人，M认为与X档案中泽西恶魔的案例一致，不顾S的反对，独自调查，在一处流浪者聚集区发现了野人的踪迹。根据线索，推算出野人为雌性。在警方参与的围堵中，女野人被打死……

6保护人

老板被人谋杀，伪装成自杀。他的鬼魂一直通过精神力量保护着像女儿般的女秘书，并再现给她自己被害的场景。最后，鬼魂帮助M找到了杀他的凶手并揭发了其与恐怖分子交易的证据。可惜S错过了所有能让她相信鬼魂一说的精彩场面。

7人工智能

COS是智能化大楼中的超级电脑，有了人工智能，杀了想要中断COS计划的老板和前来调查的FBI探员。M找到了超级电脑的发明人，做出了病毒，终结了这台杀人机器。政府似乎也盯上了这项技术……

8冰核计划

在阿拉斯加进行冰核计划的科考队在接近成功时，忽然向外界发出一个奇怪的警告信号，自此杳无音讯。M、S与几个科学家到达那里，发现全队人员死于自相残杀。他们还在开采出的冰层样本中发现了随着陨石坠入地球的外太空虫子，这种虫子会使感染的人产生暴力倾向。M、S的小组中有人被感染了……

9太空幽灵

M、S收到消息称有人蓄意破坏太空总署的太空计划。在调查中发现该计划的负责人隐瞒真相、知情不报，并且以往多起失败的太空计划均与其有关。原来此人在多年前亲历的太空任务中被太空中神秘人形物质附身……

10坠落天使

威斯康辛有不明物体坠毁，军方封锁了该区域清理现场。有隐形物体从该区域逃出，能以超强辐射杀人。在深喉指点下，M潜入该区域调查，被抓，认识了UFO迷Max。M认为Max曾被外星人绑架，S认为Max有妄想症。最后Max在M眼前被不明力量虏走，政府又一次掩盖了事情的真相。