1「发生」
2039 年，日本处於 GHQ 的统治之下。某一天，樱满集在校内遇见了他崇拜的偶像楪祈，但她却被突然出现的 GHQ 带走了。为了达成她托付的使命，集独自前往六本木地区。在那里，「葬仪社」的年轻首领恙神涯出现在集的面前。正当集还来不及对这一连串的意外感到惊讶时，战斗开始了。集为了保护楪祈，而冲到终极咆哮的面前，此时他的右手，得到了某种「力量」。
2「适者」
集用小祈胸口抽出的剑打败终极咆哮，解决了一场危机。他们两人一起回到涯的面前，从他口中得知有关「王之能力」以及「虚空」的事。同时，涯也对得到力量的集提出加入战斗的要求。当集感到迷惘之时，他看到了 GHQ 对六本木地区居民的「净化行动」，於是下定决心参战。葬仪社的抢救居民作战开始，胜败关键就在集身上。
3「显出」
集拒绝了葬仪社的邀请，决定回归平静的生活，但是祈却转学到他的班上。除此之外，集与葬仪社在六本木活动的样子，被校内的学生目击了。面对不知道该怎麼办的集，涯对他说「你要是珍惜平稳的日常生活，就自己去保护吧」。凭著虚空形状这个线索在校园内奔走，集终於找到了目击者，但他却是集从未想到的人。
4「浮动」
因为谷寻的背叛，让集因为涉嫌与恐怖份子接触而被拘留。逮捕集的 GHQ 嘘界少校，巧妙地利用言语不断动摇集的内心。「我到底该相信谁？」正当集苦恼不已之际，葬仪社决定进行劫狱的作战计画。在真相不明却又面临选择之时，集的眼前出现了一丝光明。就在此刻，他下定了决心。
5「训练」
集前往了葬仪社的基地，但却连休息的时间都没有，立刻为了实行白血球作战计画展开基础训练，集也从中再次体会到葬仪社成员高强的战斗力。面对问他为何来到这里的祈，集原本想对她表白自己的心意，却因为她的回答而大受打击。模拟战即将开始，集能被葬仪社认同，成为他们的一份子吗？
6「牢笼」
GHQ 的奇袭让葬仪社失去了不少夥伴。但是受伤的涯却坚持继续进行作战计划。此次作战的关键，就是集的王之能力还有城户研二的空洞，但集却拒绝参与这个会造成多人牺牲的计划。怀疑涯是否有资格当领袖的集，在听到涯的心声之後改变了主意。失控的 Leukocytes 卫星即将坠毁在东京，涯却主动迎上前去。此时，对集说话的神秘声音，引出了虚空之力。
7「圆舞曲」
以湮灭集与事件有关的证据和嘘界交换条件，集回到了久违的校园。当集饱受其他同学好奇的眼光时，学生会长供奉院亚里沙让集重回了平静的学校生活。另一方面，葬仪社为确保物资与资金来源展开了新行动。而涯带著集潜入的，竟是供奉院财团主办的晚会。此时 GHQ 突然进行攻击，在无处可逃的邮轮上，集面临了走投无路的危机。
8「夏天」
涯命令集在下一项任务中抽出魂馆飒太的虚空，但集却不太擅长与飒太相处。虽然打著影研社集训的名义跑到「大岛」，但集始终找不到抽出虚空的时机。此时，涯打算利用祈来打破飒太的心防，集虽然强装冷静，但当他知道飒太想跟祈告白时，他做出了出乎意料的行动。在这个与过去牵扯纠缠的岛上，集逐渐发现虚空真正的力量。
9「捕食」
暂时不用执行葬仪社任务的集，在电车上与谷寻巧遇，并得知他正带著被追杀的弟弟‧润过著逃亡的生活。就在此时，追杀谷寻与润的「抗体」再度将两人逼到绝境。集用「王之能力」拯救了两人，但听完润诉说他对哥哥的感情後，集才领悟到谷寻体内虚空的真正意义，而集也被自己的大意与自信拖向深渊。
10「退缩」
集对无法拯救润感到懊悔不已，并开始对使用人心形成的虚空感到恐惧，导致无法完成葬仪社的任务，也让同伴们身陷危机之中。涯强迫沮丧的集参加下一次作战，集却拒绝使用自己的力量。而此时，离开集身边的祈，逐渐发现自己对集的感情。传遍市区的歌曲，彷佛要撕裂两颗彼此错过的心，失落的圣诞又将再次揭开序幕。