1恶灵

为失去林肯而失意的黛西，依然每到晚上，会惩恶锄奸。这天，她在对付一帮劫匪时，亲眼目睹了一起异人残酷杀戮劫匪的场面。她看到他头冒着火光，钻进冒着火的车里，疾驰离开，她看清楚了他的车和牌照号，紧跟而去。菲尔和迈克乘坐在和风一号里，正无聊地下着棋，听说有任务，想起能见到梅、菲兹西蒙斯时，还挺高兴的。梅告诉了他们任务，有两个平民死状惨烈，头被烧烂，脊柱从腔里刺穿，情况迥异于常，他们要查出真相。梅接着告诉他们，还有第三名伤者，他提到了黛西。黛西被警方认为涉嫌多起银行劫案并炸毁大桥，如果被他们找到了黛西，是准许射杀的。警方怀疑菲尔迈克一直在包庇黛西，所以撤销了他们对黛西的追踪。梅提前告诉他俩，是为了争取争取些时间，赶在警方之前，找到黛西。他们身为曾经的同事，太了解黛西了，她一定是在设法切断那些劫匪的资金源。菲兹西蒙斯醉心于研究，西蒙斯已升任科技部部长特别顾问一职。当菲尔迈克找到他们时，菲兹将新研制出的爆炸钢笔、和为菲尔新制作的手臂交给了他们。这四个劫匪属于雅利安兄弟会，现在还有一个下落不明的，在那个异人手里，这是仅余的一个活口。菲兹发现了博士研究的一个极为逼真的女机器人艾达，按规定他应该上报，因为博士还在被监管期，不允许他搞这些研究的。但博士让艾达告诉了菲兹，博士为他曾造成的遗憾痛苦，她是为保护特工们而造的，代为涉险的护盾。埃琳娜暗中跟黛西有着联系，她们在公交车上见面，埃琳娜将她将见了迈克，从神盾局得到的特效药给了黛西，因为黛西在追踪劫匪时骨折过。黛酣告诉她，她在查武器交易时，发现监查者跟本地黑帮勾结在一起，还发现了一个连环杀手，不过她还没清晰地看过他的样子。喷着火的异人，被当地人称作恶灵骑士。凡见过他的人都死了。菲尔和迈克找到了那辆案件中的大卡车，并在里面发现了尸体。西蒙斯成为部长的红人，梅对此表示了不满。她觉得现任局长是有意将神盾局的人打散，而西蒙斯却对这样的部长尽责。西蒙斯终于告诉她，她这样做，正是为了获得权力，以便能稍稍控制局面。因为是总统下令分散神盾局的。她只能采取合适做法，继续得到部长信任，才能为昔日战友们做些事。所以，她要梅现在带人将菲尔和迈克找回来，清理麻烦。梅理解了她的苦心，同意了。黛西追踪到了废车厂，想找恶灵骑士。他平常只是一个普通的废旧车库的工人，名叫罗比。黛西遇到他，没有认出来，还向他打听着，罗比将她带到了办公室，准备伺机下手。黛西发现后，两人斗在了一处。菲尔迈克追踪到了交易者。在监视器上看着那些人打开了箱子，一阵烟雾飞过，所有人突然变得异常。这时，监控画面断了。画面再恢复时，两人发现了那些人正在相互残杀，正要赶过去察看，梅带着人到了，她的人将那些附体的人射杀后，一个雾状的人影从梅的身后飘过。黛西制服了罗比，告诉他你不该决定人的生死，但罗比浑身燃着火告诉她，不是我在决定。再站起来时，他已化身为传说中的恶灵骑士模样，将黛西压到了地上。始终为林肯之死心怀内疚的黛西，其实一直在求死，所以她毫不惧怕，叫他动手。听了她的话，恶灵骑士反而放过了她。黛西远远地用望远镜观察着正常了的罗比，他正在接他的坐轮椅的弟弟，和善而亲切。每个人都有依恋，黛西喃喃地说。跟菲尔下着棋的梅突然神色一变，菲尔问她怎么了，她说只是有点累。

2会见新长官

菲茨和西蒙斯正在研究着那个让六个人疯掉、相互残杀的空箱子。菲茨测出了常规可见光范围内不可见物体的形状，它非常美，水晶状结构，像是封锁力场，西蒙斯正在揣测着它到底封锁的是什么时，迈克来了，说有一家人来了，其中那个爸爸有鬼魂穿过了他的身体。西蒙斯不太相信，迈克打开了交易者当时的录像，确实能看到影影绰绰地有个雾状模糊的女人形。造这个空箱子的合金非常特别，全世界只有三个地方的冲力实验室有过。迈克说见鬼的这家人，就在其中的一个实验室所在地。于是，菲兹跟迈克赶往这个冲力实验室查看情况。修车厂的罗比，看到黛西的车来了，觉得她是来对付他的。他拿了铁棍打开车，什么也没发现。回到办公室，发现黛西正跟同事愉快地聊着天。黛西说她的发动机着过火了，罗比替她看了下，却说没什么事，并警告她说如果继续追究，可能会死。黛西假作跟罗比的同事聊天，将罗比的早年往事一一道出。当罗比说修好了车的软管时，黛比马上又将车弄坏。黛西找林肯是想说服他。她觉得他们一样，只是想复仇的异人。但林肯说他已将灵魂卖给了魔鬼。黛西提起了他的弟弟，想唤回他的人性。林肯反而发怒了，开始向黛西攻击。黛西被罗比捆了起来。他不想杀她，而是翻查着黛西的东西，想了解到她一心求死的原因。当罗比听到黛西提起了冲力新能源实验室，说担心光头党的人又从那儿偷到什么新武器时，罗比突然站起来用胶带封住了她的嘴，起身离去。罗比开了车出去，黛西挣开了绳索，追了出去，贴附到罗比的车顶上。罗比最终甩掉了黛西。长会见了菲尔和梅。他要将神盾局公开化，所以非常注重公众关系和形象。他显然觉得黛西抢劫银行的嫌疑，对此不是个好事儿，他想说服菲尔，同时，他让梅先离开，单独交给了菲尔一个特别任务。他请菲尔帮助，带领国会议员参观秘密基地。那个一直在录像中呈现雾状的女人形，也能出现实体。此时，她穿越进冲力实验室后，看起来只是个面目憔悴恐怖的普通女人，她打开了一个空箱子，一阵烟雾起，凝聚成一个男人。她叫他雨果，雨果则叫她露西。原来，他们，还有他们的其它四个伙伴，都是被困在这些个空箱子中的，他们商量着要找到那个把他们置入如此困境的始作俑者乔，然后逆转局面。菲尔跟着科技部部长，带国会议员们参观秘密基地，他十分乐意地向大家讲解基地的历史。从梅的面前经过时，梅却突然看到议员们的脸一刹间有些异样，变得就跟她见过的鬼魂人一样。她去找到那个被捕的交易者，告诉他自己也能看到那些人，现在她跟他一样。正说着，西蒙斯来了，梅看到她的脸也如同鬼魂，顿时吃了一惊。那个被捕的交易者突然之间用头撞门，直到撞出了血晕到地上。西蒙斯吃惊地看着，跟梅说话，扭头一看，梅已不见踪影。听西蒙斯说梅有些不对劲，菲尔去看梅。梅正在忙乱地收拾东西，她告诉菲尔说基地被渗透了，她得想法救他们所有人。现在她的眼里，人人都是被感染了的鬼魂模样，就连菲尔也是，她大打出手，正要夺路而逃，科技部部长堵住了门，任梅如何击打也毫无作用，最后，部长出手暂时打晕了梅，和菲尔相视一笑，原来他也是异人。菲尔想知道部长怎么治疗梅和黛西，部长说这是机密。因为菲尔在她俩人的事上不能保持客观。迈克、菲兹到实验室后，很快发现情况不对。菲兹正在设法关掉那个反应熔堆时，迈克被鬼魂人袭击，关进密闭房。鬼魂人正一步步向菲兹靠近，凡是被他们靠近的人，最终都会发疯。这时，罗比赶到了，一把将鬼魂人揪开，浑身燃起火来。黛西也赶到了，将迈克的门打开，菲兹急忙去继续关闭反应熔堆。化身恶灵骑士的罗比，烧死了鬼魂人。将六个人的合照抓起，没理睬迈克菲兹他们，径直离去。迈克想去追赶，黛西阻止了他。黛西并没有选择留下来，跟昔日的战友们在一起。她回到修理厂去开车，这时，罗比回来了，说你想知道这一切的关联，黛西说是。罗比说可能是我。他打开了他的车门，示意她上车，黛西见状坐了上去。

3上升之势

在迈阿密，悠悠球埃琳娜正在参加朋友聚会，迈克打来了电话。突然间全城断电，很快收到了肇事者们的警告。他们自称是异人反抗军，要求政府停止异人注册，恢复异人们的正常生活。梅正在疾控中心里被监控着，菲尔不知道她身在何处，担心着她，希望她挺过难关。他询问西蒙斯梅现在在哪儿，西蒙斯由于制度所限不能告知。但梅显然情况很危急，疾控中心解决不了她的问题。为了挽救梅，西蒙斯得到部长同意后，带人赶到疾控中心。菲尔也想一起去救梅，但部长派菲尔赶往迈阿密。黛西和罗比一起乘车去找他的叔叔，叔叔曾在动力实验室工作过。正给车加油时，洛杉矶也突然断电了。罗比顿时担心起弟弟加布的安全。加布是被黑帮分子所害才坐上轮椅的。博士也赶往疾控中心。他和西蒙斯商量着梅的情况，考虑使用博士刚研制的经颅装置来解决问题。按惯例来说，梅离死亡只剩下不到六个小时的时间了。他们为梅戴上了经颅装置，拿出了使她陷入战斗状态的刺激物。为了彻底拯救梅，他们只能以极端冒险的手段，停掉了梅的生命体征，在七分钟内，对她大脑进行重启，电击激活。偏巧这时，突然停电了。西蒙斯拚命为梅手动按压心脏，祈祷着她能醒来。教授用原型机才使梅绝处逢生。异人反抗队已按他们所言，使四个都安置着异人的城市断电了。菲尔和他的队友们分析着情况。菲兹判断他们使用的一定是电磁脉冲装置。断电的洛杉矶陷入了骚乱。加布被一些暴徒盯上，幸亏罗比和黛西及时赶到，将加布从暴徒们手中解救。搏斗中，黛西的手臂再次骨折，罗比想帮她弄些药。他告诉黛西他不会受伤，无论受了什么伤，第二天都会完好如初。他让黛西跟加布一起呆在叔叔的房间里。叔叔养大了他们，现在在住监狱。加布并不知道哥哥的秘密，罗比告诉黛西要替他保密。他要赶去加诺洛那儿。但加布看出了黛西是个异人，他让她离哥哥远点儿。一帮人持先进枪械全副武装地闯到了埃琳娜朋友们聚会的楼顶上，声称此处有一个异人，要找出来。他们对在场的人施暴，为保护他们，埃琳娜暴露了。菲尔迈克菲兹他们一到迈阿密，所有电子设备完全无法使用，菲尔正跟部长的通话也突然中断。唯一能用的只有教授的计算尺。迈克及时赶到聚会上，帮助悠悠球打败了那群暴徒。但埃琳的朋友玛丽亚却不想再理她。埃琳娜说他们为什么会找到我，注册时不是说会保护我们的吗？大家担心地想到了，这是陷害，是针对异人族的猎杀。就连华府也停电了，同时接到了所谓异人反抗队的警告。总统下令，彻底铲除异人。菲尔迈克菲兹他们找到了电磁脉冲源，埃琳娜缴了他们的武器，关闭脉冲源后，城市再度恢复光明。菲尔急忙跟部长取得联系，告知真相。并请他向公众说明真相，并向大家公布了神盾局。罗比回来后，发现黛西不见了。加布只说不知道他睡着了。黛西坐在自己车里，饮着酒，听着部长对神盾局的赞美，关掉了收音。

4神盾局新旧同事通力合作

西蒙斯去看房子，她正在为她和菲兹建设未来的小家做准备。房间的外观让西蒙斯非常中意。进入房间后，她敏感地觉着有问题，于是拔出枪来，小心翼翼地观察着。黛西突然手捂伤口出现在她面前。原来，黛西从专杀异人的监察者组织手里抢过了一张名单，为此而受了伤。名单中是异人们的住址和电话。现在，她想请求西蒙斯帮助她，找出神盾局注册过的那些异人们的信息。因为这些信息，早已落入了监察者手里，正在成为被袭击的目标。黛西想提前向他们预警，使他们避开危险。西蒙斯因为职责所在，先拒绝了黛西。然后黛西用枪指着她，西蒙斯与她配合，将U盘交给了同事。这个U盘插入神盾局电脑中，黛西就可以远程控制，得到异人们的信息。在众多的信息中，黛西发现了詹姆斯的号码。他曾经与黛西一样，为蜂巢控制。俩人一起去找到詹姆斯，他正在一家超市，做普通的收银员工作。黛西说服他跟自己一起，对抗即将来消灭他的监察者们。但没想到的是，正是詹姆斯本人，跟监察者们搞在一起。拉德克里夫博士和西蒙斯救回梅后，梅在艾达的照顾下，正在好转。菲兹来看望她，同时想研究出更安全的办法，来拯救那些鬼魂受害者。菲尔去监狱看望罗比的舅舅伊莱，但伊莱不肯跟他配合。走出监狱外，他告诉迈克没什么收获，这时，迈克发现了罗比的车，于是驾车狂追，最后动用神盾局的飞行器，逼停并撞晕了罗比。他们将罗比关入了神盾局密封舱，菲尔和迈克分析，罗比曾去过动力实验室，又去过监狱，他肯定与这件事有关。想到黛西对罗比很信任，于是菲尔放出了罗比，想与他做比交易。罗比答应了。他们一起去看伊莱，罗比告诉伊莱，他昔日的同事露西正在到处杀人。伊莱告诉了他，他曾为乔瑟夫和他的妻子露西等人建造了量子粒子发生器。这是台可以无中生有的机器。那些人打破规则，扮演上帝角色。发生了意外，乔杀死了他的妻子和同事们。伊莱太生气了，他想复仇。菲尔知道露西他们并没有死，露西在这次事件中获得了异能。他让罗比问伊莱露西下一步会干什么，伊莱说她会去找邪恶的书，就是这本书让他们做了这一切。詹姆斯带着监察者们捕杀黛西和西蒙斯，幸亏菲尔迈克带着罗比赶到。在詹姆斯正要对黛西下手时，罗比及时出现，阻止并抓住了他。菲尔告诉大家，那些人正在找的是《黑暗之书》，想得到此书，必须先找到乔瑟夫。乔瑟夫一直陷在昏迷中，现在被露西唤醒了。菲尔和他的同事们，一起到了拉德克里夫博士那儿，他们需要梅参加行动，在那儿，菲尔第一次见到了艾达，西蒙斯马上猜到了，艾达是博士和菲兹共同制造的机器人。知道这个秘密，和这些天一连串秘密的西蒙斯，该怎么接受明天科技部就要进行的测谎呢？

5监狱救伊莱终落空

菲尔迈克他们也找到了乔瑟夫，他在昏乱中说出了《黑暗之书》的下落，就埋在他和露西发现它的地方，然后七窍流血而死。这个地方露西知道，事实上她现在已经又找到了它，但上面的字消失了，露西什么也看不到。 菲尔他们知道这部书的危害，商量着要不要告诉神盾局现任局长弗瑞。他们想先见见了解情况的伊莱，罗比的舅舅。结果菲尔和梅在去见伊莱时遭到典狱长袭击并被困在了那里。因为露西已接触感染了他们。菲尔和梅必须争取时间，在露西找到伊莱之前见到他。 罗比向迈克请求加入战斗。黛西替他说话。迈克让大家使用冷冻枪，因为那里有可能所有人都已被感染。 菲茨西蒙斯和拉德克里夫博士正在抓紧研制治疗鬼魂人的药物。迈克黛西等人出发前，迈克请菲茨遥控指挥这次行动，菲茨给了迈克能治疗鬼魂人的针剂。大家乘坐昆式战斗机很快到达目的地。 迈克注射针剂使典狱长等人又恢复了正常神智。 菲尔梅黛西在寻找伊莱时，发现很多犯人对异人和神盾局有敌意。因为他们认为神盾局是保护异人的。他们虎视眈眈地盯着三人，这时，在这层监狱尽头，气化的露西显现了一下，诡异地笑着，又消失了。所有的监狱门打开，犯人一一走出，包围了他们三个。菲尔让菲茨紧急打开了监狱所有的门，三人这才逃出。 西蒙斯接受测试时，敏感的问题使她紧张。这时，局长走进来带她到另一间房密谈。他就要跟敌视异人的纳迪尔议长进行电视辩论了，希望西蒙斯帮他。 气化的鬼魂神出鬼没，只有罗比能对付得了他们。罗比烧死了其中一个，连迈克都被感染了，迈克赶紧为自己注射针剂。他们俩总算找到了伊莱，带他离开。 黛西将菲尔梅关进了安全房间，她自己独自面对大批被感染囚犯。由于骨折，她戴上了护臂，这样就无法使用异能。最终，由于寡不敌众，被人掐住了脖子，菲尔和梅在菲茨帮助下，设法离开安全屋及时赶到， 电视辩论中，为了说服对手，局长公布了自己就是一名异人的身份。他曾是个勇敢救人而闻名的英雄，在他做神盾局局长后，人类死亡率下降，现在，由于坦诚，他的支持率爆棚。但西蒙斯通过微表情观察，随后向他指出他话中的谎言，局长听了，宣布取消今后对西蒙斯的测试，沉思着离开了。 迈克带伊莱撤离过程中，帮助一个犯人临时离开了一下，让罗比带着伊莱先走，结果罗比压不住复仇的火焰，让伊莱独自去上飞行器，他除掉了那个当年下令造成他们家庭惨剧的人。 大家会合后，发现不见了伊莱，伊莱已被露西劫持，上了一辆救护车。 为林肯的死亡而自暴自弃的黛西，刻意跟大家保持距离。梅告诉她没用，她现在做的，就像曾经的她。但菲尔的博爱，最终使她回到神盾局的群体中。 露西把《黑暗之书》放到伊莱面前，让他来读。伊莱的面前出现了文字，他惊喜地睁大了眼睛。

6伊莱制造一切噩梦

当年，是乔瑟夫造出的机器实现了量子态能量永久储存，这意味着可以无中生有地制造出万物。但伊莱对此表示疑惑，因为实验后的能量比实验前还多，这是说不通的，违反了热力学第一定律。露西表示这正是天才之处，并在兴奋中告知伊莱因为他们得到了一本书。乔瑟夫听到急忙制止了她往下说。 梅带人进入了动力实能源实验室。发现露西来过，但早走了。但菲兹发现，露西带走了几样东西，猜她想再现实现，逆转回人形。为了阻止她再伤人，神盾局继续追踪。 黛西带加布去见罗比。为了保证加布安全，他们告知了他部分真相。 局长杰弗瑞带人前去逮捕黛西和罗比。迈克急忙通知俩人带着加布藏到隔离舱。在隔离舱中，罗比向加布和盘说出所有真相，包括他们当年的车祸和他的异变。 菲兹到处找菲尔，因为他需要查看一些科技战略资料。又找不到西蒙斯，西蒙斯被艾弗瑞以委派任务的形式带离联系不上。他发现了一家叫艾瑟丹公司跟动力能源实验室有关。他找到了局长和菲尔，但发现局长更关注已关在舱内的黛西罗比。愤怒的罗比化身恶灵骑士闯出了隔离舱，痛打艾弗瑞，幸亏菲尔让加布及时制止。 菲兹得到了授权，查到了资料，洞见了露西的行动。菲尔、迈克罗比等人赶往实验室支援梅。 罗比面对露西时，露西说车祸不是针对他们兄弟的，当时乔瑟夫雇黑帮是为了杀掉伊莱，并说出了是罗比的舅舅伊莱想扮演上帝，制造了噩梦。罗比焚烧了露西。 菲兹为了避免上千人丧生，让迈克紧急通知黛西处理。 菲尔找到了伊莱，但为时已晚，此时他也发现了伊莱才是那个真正的幕后元凶。

7菲尔菲兹罗比从异次元重返现实

梅、迈克进入实验基地后，发现菲尔菲兹罗比踪迹全无。回到神盾局后，杰弗瑞、黛西、加布和他们一起看了实验基地的监视屏，发现，伊莱发出了一道白光冲击波后，菲尔三个人一下子消失了。大家怀疑菲尔他信已被伊莱困进小箱子里，如同曾经的露西。大家心情都很沉重。被白光冲击波击中的菲尔他们，发现迈克、梅等同事看不见他们。他们猜测着，他们不是死了而是被改变了存在形态。 他们看得到神盾局所有人在做什么，但却无法对他们传达讯息。罗比忽然觉得全身发冷，他似乎正在被拖往另一个空间。黛西觉得事情也许还会有转机。杰弗瑞同意她的观点，于是打电话给纳迪尔议长，想让西蒙斯回来，但纳迪尔没有同意。原来，应纳迪尔的请求，杰弗瑞让西蒙斯去研究如何解救一个茧化人。西蒙斯最后成功地让茧化人回到正常人的世界。梅带回了黑暗之书，想打开看有没有什么办法救回菲尔他们，迈克担心她打开的是一个潘多拉之匣，制止了她。加布情绪也很低落，他觉得自己俩个至亲，罗比、伊莱，自己竟然都不了解他们的另一面。一直附身在罗比体内的恶灵骑士突然离体，附在了迈克身上。迈克骑上摩托车冲出了神盾局，黛西看情况不对，急忙开车跟在他身后，罗比也坐在车内，黛西却看不到他。迈克找到了跟伊莱合作过的华人帮，出手杀戮，黛西罗比赶到了。罗比劝说附身于迈克体内的恶灵离开迈克。从恶灵那儿，罗比知道了原来一切血案竟然都是舅舅伊莱制造的。恶灵懂得罗比正在被拖往什么地方，他就是从那儿地方逃出来的，他绝不想再回去。黛西劝说迈克回去，迈克却头部燃火，一步步向她走来。为了解救黛西和迈克，罗比又跟恶灵做了笔交易，答应带他一起去找伊莱复仇。恶灵这才重新回到罗比身上，离开了迈克。杰弗瑞找到拉德克里夫博士，第一次见到了博士制造的完全仿真人艾达。梅将黑暗之书交给了博士，博士只看了几页，急忙合上，他认识到人类现在的大脑无法承载这样的知识，读了后只会造成伤害。这一切，被站在他们身边的菲尔菲兹看在眼里，菲尔夸赞博士够聪明，懂得这本书的害处。最后，这本书由艾达来读，她作为一个被设计的人形机器人，不会受到伤害。艾达着手建造了一个跨维度大门，菲尔菲兹终于回到了正常的世界。当迈克悲伤地以为罗比为他而死时，罗比也通过了大门，带着他的恶灵，重返正常世界。他请迈克和他一起，清算最后一笔账，舅舅伊莱制造的一切血债。

8神盾局协力解除伊莱危机

警察局和神盾局包围了伊莱，记者采访局长杰弗瑞，杰弗瑞只能暂时以事态正在发展，尚无可奉告先敷衍过去。他们必须得先集中全力，对付伊莱。他同意菲尔的建议，派出艾达、黛西、悠悠球埃琳娜、罗比等人去处理这次危机。埃琳娜在侦察情况时，被伊莱制造的火墙烧伤了胳臂。罗比除掉了阻拦他的华人帮后，发现了伊莱建造的一个量子能源的大型电池。他正在查看究竟，伊莱出现，罗比正要变身恶灵骑士攻击，反而被伊莱先出手弄伤。菲兹发现，这块大电池事实上还是中子发射器，接近它就会触发超临界质量。危险超过以往，菲尔决定启用B计划了。杰弗瑞从拉德克里夫博士那儿得知，艾达是读了黑暗之书后建造了跨时空大门。他表示对艾达这个机器人有些担忧。他会密切关注她，决定下一步该对她做什么。罗比责问伊莱，为什么要变成杀人犯，辜负他和弟弟加布对他的信任。伊莱说因为他忍受不了动力实验室那些白人同事，比如露西等人的傲慢。他要的是尊重。现在，他能徒手造出一座城市，也可以转瞬之间毁灭它。他正在变成神。菲兹已经找到了办法，阻止伊莱的疯狂行动。菲尔率人来到伊莱面前，吸引他的注意。果然，伊莱看到被他汽化的菲尔还好好地活着，感到不可思议。菲尔告诉伊莱，他并不是在创造，他只是在盗取能量。他每次盗取能量，都会造成地震。艾达编制着跨时空大门，黛西吸收着震动波，埃琳娜拿专门对付伊莱的特制磁铁，大家各自按计划行动着。就连局长杰弗瑞也运用了他身为异人的力量，参与到行动中。受伤的罗比，用全身力量，再次化身恶灵骑士，揪住了伊莱。大量电池的门关上了，俩人焚烧着一同消失了。黛西被人群发现，媒体们以为又是黛西制造了这些震动。局长杰弗瑞及时现身，还她以清白，并宣布她是神盾局的一员。菲尔和其它同事们对黛西重新成为神盾局一员而高兴。迈克和埃琳娜数周未见，又一次拥抱相吻。杰弗瑞同意了博士的研究项目，包括进一步完善艾达这样的机器人，但要在神盾局监督之下。他派助手内桑森收拾博士的物品搬到神盾局。内桑森在收拾时，发现了艾达的秘密，他正要查看究竟，艾达出现扭断了他的脖子。　艾达违背了博士的命令，开始自行其事。她杀死了内桑森，弄晕了梅并将她关了起来。但神盾局的人们毫无知觉，因为还有一个梅，正跟他们在一起，甚至，她还跟菲尔举杯共庆此次胜利。

9为争黑暗之书博士设局中局

艾达囚禁梅，是为了造出跟梅一样的机器人替代品。现在，这个“梅”进入了神盾局的同事中，而大家毫无察觉。杰弗瑞正安排大家如何妥善处理《黑暗之书》。菲尔告诉这个梅，协同博士清空艾达的硬盘，因为艾达读过了《黑暗之书》。博士和菲兹替艾达惋惜，迈克提醒他们，艾达只是个机器人，首先要提防的是机器人的崛起和反击杀戮。博士同意了。但博士和菲兹带人去处理艾达时，反而被艾达所伤。艾达还杀掉了他们带去的俩个警员。维杰是纳迪尔议员的亲弟弟，他就是西蒙斯从茧里解救出来的那个异人。纳迪尔带他在幽静的别墅里休养。她想探问维杰在茧里的七个月里究竟发生了什么，维杰没说，而是向她夸起了解救他的西蒙斯。纳迪尔议员对异人和神盾局一向充满敌意，听了这话很不高兴地转移了话题。杰弗瑞带黛西、西蒙斯去找维杰，而参议员显然已安排监察者要除掉她的亲弟弟维杰。但当监察者们真的用枪指住维杰的脑袋时，纳迪尔还是心软了。杰弗瑞和黛西西蒙斯找到了别墅。纳迪尔带人拦住了他们。这时，楼上传来枪响声，原来，监察者们趁纳迪尔不在场，想除掉维杰。维杰的异能被激发了，他除掉了他们。这时，西蒙斯和纳迪尔同时走了进来，西蒙斯邀请维杰来神盾局，纳迪尔表示反对，并说神盾局只是想把维杰变成可以利用的武器。她让维杰跟她一起离开。维杰被姐姐的亲情打动了，不料上了直升机，纳迪尔就亲手击毙了自己的弟弟维杰。她这个举动，再次获得了监察者们的信任。艾达进入了神盾局的电脑系统，她断掉了整个基地的电源。艾达说她想拿到黑暗之书。菲尔安排迈克、悠悠球等人作阻止艾达进入基地的第一道防线，他和梅来阻止她进入基地。菲兹和博士去启动基地的备用电源。艾达通过梅，找到了菲尔以为隐藏得很好的黑暗之书。正要离去，菲兹和博士追上了她。菲兹已将基地系统重置，艾达无法离开了。 迈克趁其不备，从她背后砍下了她的头颅，菲兹研究着这个头颅。菲尔则准备自己独自去处理掉黑暗之书。事实上，博士才是幕后主使。现在，他正跟另一个艾达说着心声。他想得到黑暗之书，从而实现人类的永生。 下一步，他准备利用梅来达到这个目的。纳迪尔杀掉了自己的弟弟维杰后，坚信自己是正确的。因为她一直认为异人的出现，是外星人进攻地球的表现。她曾和家人一起宣称，起誓说，无论是谁将来不幸被感染，那个还正常的人就要毫不留情地除掉感染者。所以，她虽然悲伤但并不认为自己做的有问题。她交代要妥善处理维杰的尸体，监察者们在维杰的脚上绑了重物，从直升机上将他扔入海底。维杰的尸身触到海底时，一种不明物质再次将他包裹，他又一次成了茧中人。

10神盾局局长杰弗瑞异人假象穿帮

杰弗瑞在公众和媒体面前，隆重介绍了黛西。称她为神盾局最尽责的卧底特工，为保护普通民众做出了一系列英雄事迹，他的宣传，使黛西赢得了公众的爱戴和欢呼声。菲尔和迈克也站在人群中倾听着，菲尔跟黛西的私人感情一直如同父女，他为黛西重见天日而感到由衷高兴。不过，职业特工的敏锐使他注意到，房顶本该有特工守卫的地方，现在空无一人。与此同时，站在较高处的黛西发现了房顶伏低身子的狙击手，她急忙推开了处在危险中的演讲者，杰弗瑞用其神力将讲桌向狙击者掷了过去。人群一片混乱。杰弗瑞和伯罗斯，在迈克和菲尔护送下赶往安全屋。黛西抓住了这个狙击手带回了神盾局。因杰弗瑞不在，国防部长塔伯特代行其职，他让梅和黛西共同审讯这个行刺的狙击手。菲茨让人研究着艾达的头颅，西蒙斯发现后要制止，她认为最好尽快销毁这个头颅，而不是研究。菲兹在博士那儿，博士正说服他，想拿回艾达那个被削掉的头颅，菲兹拒绝了，并劝他这几天不要去神盾局总部。菲兹走后，博士唤出了新艾达，告诉她，他有点担心正在总部的梅的生化机器人替身，怕梅露出破绽，他的计划就都完了。黛西和梅在审讯行刺者，行刺者是个俄国佬，前九头蛇成员。他什么都不肯说。坐在昆式战斗机中，杰弗瑞他们讨论着刚才的刺杀。迈克和菲尔觉得这次刺杀透着蹊跷，不合常理。既没有撤退计划，也没有必胜把握。正想跟神盾局打个电话，发现信号受到了干扰无法联系，这时，机翼突然断裂，伯罗斯竟被突然灌进舱内的风刮出了飞机。震晕了的特工们醒来时，发现飞机坠落，机长已死。行刺、坠机，这肯定不是巧合。杰弗瑞带着菲尔、迈克，钻出了飞机，一同在树林中寻找着伯罗斯。正被博士控制处于昏迷状态的真正的梅，大脑皮质层突然活动频繁。博士有点担心她会死掉。因为艾达杀人程序启动时，有点分不清状况，给博士带来了麻烦，博士准备重新设置她的程序。总部那个生化机器人梅，此时，正跟西蒙斯、黛西一起，找到国防部长，商量营救失联战斗机的事情。塔伯特刚愎自用，置本该在局长不在的情况下，拥有第一权限的西蒙斯于不顾，直接将更高的权限交给了机器人梅。真正的梅突然从昏迷中醒来，她拔掉了插在自己身上的管子，刚跑出封闭柜，就被艾达发现了。艾达掐住了梅的脖子，差点弄死梅。博士及时制止，让她给梅打了镇静针，梅又一次晕了过去。杰弗瑞菲尔迈克三人看到一辆车经过，上面有不少持枪的监察者。伯罗斯已死，他们拿到了箱子，但要打开箱子，除非有杰弗瑞的生物指纹，否则只能用爆炸手段了。事不宜迟，三人马上配合采取了行动，杰弗瑞拿到了箱子，刚一打开，结果被发现的监察者打中腿受了伤。菲尔迈克击毙了监察者，他们看到箱内物品，这才意识到，杰弗瑞并非异人，没有天生神力，他只是靠箱内的药物注射才拥有了神力的。而他这样做，都是奉塔伯特之命，塔伯特想塑造这样一个英雄，从而取得异人族的信任，从而在未来可能发生的第三次世界大战中，拥有致胜法宝。此时，西蒙斯也从塔伯特口中，知晓了这个秘密。她吃惊地提醒塔伯特这种药物配方的副作用，可以使人具有盲目的攻击性，塔伯特不以为然。杰弗瑞在菲尔的安排下，分散对手的注意力，迈克趁机炸毁了对手干扰信号的通信车，黛西和机器人梅也赶到了，除掉了对手。菲兹趁西蒙斯不注意，偷偷研究着艾达的头颅。他接上电后，还与这个头颅对上了话。看西蒙斯来了，他急忙锁上了柜子，说以后不再打开了。回到神盾局，杰弗瑞因为自己的真相被拆穿，有点惴惴不安。菲尔则告诉他，自己对当局长没兴趣，也不喜欢那些政治任务，杰弗瑞继续做局长挺适合的，不过，在专业问题上，菲尔想要说了算。