1第1章 指挥 -信条-
自宣布与D2停火的 「扎甘宣言 」以来，四年过去了，音乐仍然是一个禁忌话题。 有一天，在满目疮痍的美国，一个从小就不懂音乐的小男孩听到了钢琴上的一段旋律。 它是由一个叫「磔人」的黑发年轻人演奏的。 仿佛是被钢琴声吸引，一个叫D2的奇怪怪物和一个手里拿着剑的女孩出现了，她叫「命运」。
2第2章 音乐 -灵魂转世-
这一切始于十年前。 波士顿市被D2袭击，音乐厅被血染红--这一事件被称为 「波士顿惨案」。 在这次事件中丧生的著名指挥家朝雏奈健二是磔人的父亲。 在失去父亲后，男孩独自投身于钢琴创作。 仿佛要把他的愤怒放到声音里。 他得到了珂赛特的照顾，这个女孩有着和命运一样的脸。
3第3章 觉醒 -旅程-
珂赛特变成了名为 「命运 」的奏者。 命运说她的任务是打败D2。 命运把指挥棒托付给了磔人，他第一次使用了自己的指挥者能力。然后他们遇到了两个人：「莱尼」和「巨人」，来自打击D2的战略基地「纽约交响乐团」的指挥者和奏者。
4第4章 开演 -演出开始-
磔人和命运正在前往纽约的路上，莱尼和巨人教他们如何「正确的战斗」。 然而，磔人和命运仍然很难做到步调一致。 然后一个偶然的机会，他们遇到了兰尼的老熟人乔纳森。 乔纳森带着带领他们去了他的家————拉斯维加斯。
5第5章 骑行 -女武神-
在与兰尼和泰坦分开后，磔人一行人在烈日下继续他们的旅程。 在与D2的战斗结束后，横贯大陆的铁路上的一列火车突然停了下来。 然后他们看到了一个身穿白色盔甲的奏者和一个微笑着的奏者。陪同这两位奏者的人名叫「辛德勒」，自称是纽约交响乐团的「首席指挥」。
6第6章 朝阳 -雄鸡-
磔人一行人在一个小镇上停了下来，这是一个只有老人生活的小镇。 在一个偶然的情况下，安娜和命运需要帮助他们。 与此同时，磔人独自在镇上徘徊，他听到一个酒吧里传来隐隐的声音。 这无疑就是「音乐」。
7第7章 真相 -杂音-
安娜和命运在旅行中偶然看到一个小镇被摧毁。D2到处苏醒，攻击各个城镇和人们，世界正在恢复到四年前「扎甘宣言」之前的样子。磔人独自一人，沉浸在某件事情中。在他面前有一个空白的谱表，塔克一边弹奏着想象中的键盘，一边拼命地创造着什么。
8第8章 命运 -珂赛特-
开始觉醒的D2。被袭击的磔人的故乡和珂赛特的死，全部都是辛特勒策划的。 这个世界已经疲惫不堪，辛德勒为了自己的利益打算抛弃下等者。 当磔人得知珂赛特死亡的真相后，愤怒地向希特勒进发。 然而，磔人被 「地狱 」所伤。 看到流着血的磔人的样子的命运，心中涌起了至今为止从未感受过的感情。
9第9章 家人 -英雄-
抵达目的地「纽约」的指挥家们。他们与安娜的姐姐、在「交响乐」技术开发部门工作的夏洛特再会。夏洛特开始检查残缺的奏者「命运」。但是那个时候，安娜注意到了拓人的异变。刻在拓人的右臂上的痣，简直就像是在侵蚀拓人的身体一样扩大着——。
10第10章 师徒 -莱尼-
莱尼想起了自己的过去。莱尼想起了无可替代的人的面容。点滴积累的今天的一切都是为了做该做的事情。和「巨人」一起前往约定场所的莱尼，打算向拓人和「命运」说出所有的真相。然而，在那里却有意想不到的人在等待着。